当前，伴随着我国建设创新型社会的国家战略的实施，综合的国力显著提高，国家对农业科研的投入也快速增长。而现如今，农业科研事业单位资金的来源和任务多元化，更让农业科研事业单位需要有一整套完整的科学财务管理的方案，农业科研事业单位是一种特有组织形式，其既区别于国家政府机关，又不同于国有股份制企业，农业科研事业单位的财务管理是对其资金的来源、支出的方式及在资金流所涉及的经济活动中有效的配置。但随着社会主要市场经济的快速发展，在长期计划经济体制中形成的事业单位管理模式和机制早难以适应现有市场经济的所需。农业科研事业单位能良好的运行，得益于财务管理全程参与是组织资本活动中出来多方面经济关系的管理工作。通过对农业科研事业单位现状的分析探究，分析农业科研事业单位所处的内外部环境，并从相关财务管理的知识出发，学习参考西方国家的经验，结合我国农业科研事业单位的内外部环境，采取全面、严谨和科学的方法，对农业科研事业单位目前存在的问题进行深入细致的总结研究，且对其更深层次上的原因进行剖析，从而得出行之有效的完善措施，以便更好发挥农业科研事业单位的作用，探索适合农业科研事业单位的财务管理途径，加强农业科研事业单位的财务管理提供思路。为了使这部分资金得以合理筹集和节约使用，并实现最大的使用价值，这就要求充分运动农业科研事业单位财务管理这一有力的工具，在开展业务活动中，不断挖掘潜力，开源节流，精打细算，用较少的钱，办较多的事，并把事办好。农业科研事业单位财务管理在提高经济效益方面，主要表现为以较少的消费基金消耗，取得较多的事业成果，这也意味着社会总产品和国民收入的增长。在这种背景下，农业科研单位在财务的管理过程中存在着许多问题，如何加强改进财务管理工作，就显得尤为重要。正基于此，本论文对当前农业科研事业单位的财务管理背景、存在的问题及有效的措施进行了完善与研究，提出了当前完善农业科研单位的财务管理行之有效的对策，并从预算管理、资产运行、内部控制、经费管理、政府采购和人员素质等六个方面对我国农业科研事业单位的财务管理进行探讨并且提出相应的建议，以促进农业科研事业单位稳定、健康的和谐发展。