加速推进我国多层次资本市场体系建设是近期我国经济体制改革的重要内容。目前我国多层次资本市场体系总体上与发达国家尚存一定差距,但自2013年以来,随着全国中小企业股份转让系统公司的正式成立,一系列政策制度的实施,我国多层次资本市场体系建设已取得阶段性重大突破——新三板市场从试点开始走向全国的规范运作。本文将梳理我国新三板市场和创业板市场的发展进程,从微观和宏观角度分析比较这两个市场的运行特点,预测这两个市场的发展趋势,提出加快和完善我国多层次资本市场体系的政策建议。此外,本文还将通过对新三板市场和创业板市场的综合指数的实证分析,对比两市场的运行特征,发现其市场变动趋势的异同点,分析其原因,使其在未来更好地互相促进,共同完善我国多层次资本市场体系。本文的创新之处在于对我国新三板整体市场运行的量化研究和实证分析,在参考主板市场及国外股票市场股票价格指数编制的基础上,本文通过模拟综合指数、成份股指数及分行业板块指数编制出了新三板市场这三类具有不同参考意义的股票价格指数,能更为直观清晰地反映新三板市场发展演变的历史进程,弥补该市场缺乏整体量化研究的空白,并为将来即时行情的发布提供了参考依据,为解决该市场流动性问题迈出可操作性的一步。