本文在分析国有企业内部控制基本理论、研发项目的内部控制理论研究进程以及风险控制矩阵理论研究的基础上，以国有企业研发项目的内部控制为研究对象，构建国有企业研发项目内部控制应用框架和风险控制矩阵模型。　　首先，本文分析了国有企业内部控制的发展历程，总结了现阶段国有企业的治理结构，分析了国有企业内部控制的基本特征和发展现状，从而在分析我国国有企业特殊的运营环境和特定发展阶段、深度理解西方内部控制的内涵和目标的基础上，以企业价值链转化模型为基础，提出国有企业研发项目内部控制的基本框架模型——效率目标下的二维控制模型。　　其次，根据研发项目管理理论的基本观点，将研发项目管理流程进行时间区间的界定和划分，形成八个流程阶段，再根据研发项目的不同类别和效率目标下的二维控制模型中的控制要素，分别对自主研发、合作研发和委托研究进行内部控制要素设计，从而构建国有企业研发项目内部控制总体流程。　　第三，以国有企业效率目标下的二维控制模型为基础，从战略效率、经济效率、技术效率、资源效率和风险管理效率五个方面来分析国有企业研发项目的效率目标，构建研发项目各流程阶段的效率目标控制框架，并从组织体系、财务控制和业务控制三条控制主线入手，对各控制主线中的控制要点进行控制描述，再以潜在风险点为纵向指标，追踪相关的控制措施，构建国有企业研发项目的内部控制应用框架。　　最后，在内部控制应用框架的基础上，以控制要点的控制描述和潜在风险点分析为指标，追踪相关的控制措施，形成多对多的国有企业研发项目风险控制矩阵模型，从而对国有企业研发项目过程中的潜在风险点进行预警。　　在整个研究过程中，本文认为效率目标下的二维控制模型符合现阶段国有企业内部控制和风险管理的基本特征，研发项目不同形式的内部控制要素具有一定区别，国有企业的资源状况和研发管理特殊性决定其研发项目以自主研发为主。在此基础上将效率目标下的二维控制模型应用到国有企业研发项目中形成国有企业研发项目内部控制应用框架，最后以内部控制应用框架为基础，构建国有企业研发项目的风险控制矩阵模型，完善国有企业研发项目的风险预警机制。