慈竹木质素合成酶C4H、C3H和CCR基因克隆、组织表达与生物信息学分析

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随着社会经济的飞速发展,我国造纸工业也进入快速增长期。但在造纸工业中,木质素脱除是造成环境污染的重要来源。因此,选择具有低木质素含量、木质素易于去除的优质植物材料生产纸浆,对造纸工业的发展以及环境保护都具有重要的意义。   本研究以慈竹为研究材料,采用RACE和RT-PCR技术对慈竹嫩茎部位的C4H、C3H和CCR基因进行全长克隆,并对克隆获得的完整基因进行生物信息学分析和组织表达。主要研究内容包括:⑴采用RACE和RT-PCR技术克隆得到了慈竹3个编码木质素合成酶全长基因,分别命名为NaC4H、NaC3H和NaCCR1,GenBank上注册号分别为JN571418、JF693629和JQ669677。⑵对慈竹NaC4H和NaC3H进行生物信息学分析发现,NaC4H和NaC3H都属于细胞色素CYP450家族蛋白;其编码蛋白很可能定位在内质网(膜)上;其二级结构含有丰富的α-螺旋和无规卷曲,β-转角和延伸链的含量较少;其三级结构预测,可以更加直观地看到α-螺旋、β-转角、无规卷曲和延伸链,以及其蛋白质折叠空间结构构象的变化;其编码蛋白含有无序化区域。⑶克隆得到的慈竹NaC3H和NaC4H基因组织中的RT-PCR表达分析表明,NaC3H基因在笋中部和笋下部,茎上部、中部和下部的表达较强,而在未展开叶、展开叶和笋的上部表达较弱;NaC4H基因在未展开叶、展开叶、笋中部和下部、茎中部和下部表达较强,而在笋上部和茎上部表达较弱。
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