国际间的竞争力日益激烈和区域经济不断发展的今天，区域自主创新能力已经成为一个地区，甚至一个国家经济竞争力的核心所在，通过不断提高自身的自主创新能力，进而增强竞争力就成为促进区域经济发展的关键因素之一。本文正是以自主创新能力为视角对中国新疆与哈萨克斯坦的区域自主创新能力进行了比较平价。　　本文对国内外学者关于区域自主创新能力相关文献进行了概述，首先分析了创新、自主创新以及自主创新能力等方面的科学内涵，并认定了自主创新能力有助于我国经济可持续发展的实事；其次，本文基于对区域自主创新能力内涵的界定，阐述区域自主创新能力影响因素，在研究现有评价指标体系的基础上，构建了适于评价中国新疆与哈萨克斯坦区域自主创新能力的指标体系(共3层13个指标)；再次，本文结合构建的自主创新评价指标体系，利用2000-2015年之间的数据，选择因子分析方法对中国新疆与哈萨克斯坦的区域自主创新能力进行了实证研究。评价结果表明，虽然中国新疆区域自主创新能力近几年来得到了较快的发展，但跟哈萨克斯坦相提并论，各有长短之处。最后根据得出的结论并结合存在的问题，对新疆区域自主创新能力的建设提出了一些对策建议，也是文章着重论述的一个部分，最后在前述分析的基础上，提出了本文主要不足之处与展望。