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骨肉瘤是最常见的骨源性恶性肿瘤,近年来质谱技术迅速发展,为肿瘤研究提供了强有力的研究手段。本研究旨在通过利用同位素标记相对和绝对定量（isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation,iTRAQ）技术以及SWATHTM(Squential Windowed Acquisition of all Theoretical fragment ions,SWATHTM)非标记定量技术比较骨肉瘤细胞系（MNNG/HOS,MG63,U2OS）与成骨细胞系（hFOB 1.19）之间总蛋白和核蛋白的表达差异,以筛选骨肉瘤相关蛋白和治疗靶点。首先利用iTRAQ标记定量技术分析骨肉瘤细胞系（MNNG/HOS,MG63,U2OS）与成骨细胞系（hFOB1.19）之间的总蛋白表达差异,共鉴定出差异表达蛋白66个。通过小样本临床筛选以及siRNA干扰功能筛选,发现CNOT1和CSE1L在骨肉瘤中发挥癌基因的作用;进一步通过免疫共沉淀实验、RNA-seq实验以及回复实验阐明其作用机制;然后通过临床样本分析发现CNOT1和CSE1L是骨肉瘤预后相关因子。接下来利用SWATHTM非标记定量技术分析骨肉瘤细胞系（MNNG/HOS,U2OS）和成骨细胞系（hFOB 1.19）之间的核蛋白差异表达,共鉴定出差异表达核蛋白149个。通过功能筛选,发现MCM2及MCM3在骨肉瘤中发挥癌基因的作用;通过免疫共沉淀实验和回复实验发现MCM2/3通过DHX9发挥作用;最后临床样本分析发现MCM2/3的表达与骨肉瘤患者预后相关。综上,我们通过标记和非标记定量技术筛选骨肉瘤细胞和成骨细胞之间的蛋白表达差异,并揭示了CNOT1、CSE1L和MCM2/3在骨肉瘤中的作用及分子机制,为骨肉瘤治疗提供了新的可能的作用靶点。