在我国职务发明奖酬制度中,《专利法实施细则》里明确了发明人所在单位和职务发明人可以通过奖酬约定的方式自由协商职务发明奖酬的方式、数额,但是在奖酬约定中难免会出现效力瑕疵。构成奖酬约定效力瑕疵的情形包括奖酬约定程序瑕疵、奖酬约定内容瑕疵。奖酬约定内容瑕疵又具体包括奖酬约定不明、奖酬约定内容明显不合理和奖酬约定当然无效三种情形。目前关于奖酬约定效力瑕疵认定的立法现状和司法审查现状均存在缺陷,难以令人满意。关于如何判断奖酬约定是否存在效力瑕疵,目前的立法层面存在缺乏程序性判断标准、实体性判断标准缺乏可操作性以及缺乏无效条款及可撤销条款等问题。通过对我国近年发生的关于职务发明奖酬约定纠纷的司法案例进行归纳整理,发现我国法院在对奖酬约定进行司法审查时存在的问题主要集中在适用法律依据不统一,忽视程序性审查,实质性审查的内容和考量因素存在缺陷,酌定计算报酬的考量因素笼统不明等方面。对奖酬约定效力瑕疵问题进行基础理论分析,奖酬约定实质为平等民事主体之间达成的一种民事合同,合同对价为职务发明报酬,奖酬约定效力瑕疵属于合同效力瑕疵。对于奖酬约定效力瑕疵问题,可以引入显失公平制度进行分析解决。通过对显失公平的构成要件进行分析论证,认为除奖酬约定当然无效情形之外的奖酬约定效力瑕疵构成显失公平。具有瑕疵的奖酬约定依不同的情形可因职务发明人行使撤销权而丧失法律效力或被直接认定当然无效。对于我国而言,日本在职务发明制度中采用的对价制度、法定程序判断标准、报酬法定计算标准的设计以及日本法院对于贡献度、合理对价计算方式、计算起始时间以及合理对价制定考虑因素等方面的见解上存在许多值得我国立法机关和司法机关借鉴的地方。在分析了与奖酬约定效力瑕疵问题相关的基础理论的基础上,通过借鉴日本在职务发明奖酬约定效力瑕疵问题上的相关立法和司法审查经验,可以找到如何改善奖酬约定效力瑕疵认定的立法现状和司法审查现状的途径。简而言之,在立法层面设置程序性判断标准和实体性判断标准。赋予职务发明人信息知情权,具体规定计算合理职务发明报酬须参考的因素。同时增加认定瑕疵奖酬约定法律效力的条款,包括可撤销条款和无效条款。修改报酬法定计算标准的适用范围,取消区分无奖酬约定和奖酬约定自始不发生法律效力情形。在司法审查方面统一适用专利法层面的法律法规作为审判职务发明奖酬约定纠纷案件的法律依据,重视对奖酬约定进行程序性审查和实体性审查。在进行程序性审查时应将审查重点放在发明人所在单位是否充分听取了职务发明人的意见上。在进行实体性审查时考虑引入专利评估机制作为判决参考意见。