1994年实施的财政分税制，虽然对政府调控能力的强化，以及一些产业或行业的发展产生了明显的积极作用。然而随着我国社会主义特色的市场经济不断发展，财政分税制面临着一系列的考验。财政分税制在对我国经济发展做出巨大贡献的同时，也削弱地方政府的管理能力，产生了地方政府财权与事权不对等的现象，随之产生了地方政府的一系列非理性经济行为。　　内蒙古自治区的草原牧区具有特殊的生态环境，同时处于民族地区，2005年前，农牧业税是内蒙古大部分旗县的财政收入主要组成。然而在农牧业税取消之后，牧区地方财政出现困难，政府为了缩小其财政缺口，引进了大量的工业项目来增加其财政收入，导致了如“矿业兴旗”等战略的出台，对草原生态环境产生了严重的破坏，也对牧民的生活生计等产生了极大的负面影响。　　本文通过财政分税理论，公共选择理论，公共产品理论，外部性理论以及文献研究与社会调查相结合，定性研究与定量研究相结合的研究方法手段，以锡林浩特市与东乌珠穆沁旗为调研地，研究财政分税制对牧区财政制度与经济发展模式转变的作用机理及其生态社会经济效应。在此基础上，论文根据牧区生态的脆弱性，民族文化的不可替代性，以及收入来源的单一性等牧区实际情况，提出了完善牧区财政分税制改革的对策建议。