环保资金绩效审计是现代国家环保资金审计发展的必然趋势，势在必行。加之政府在环境保护工作中的特殊责任，使得政府环保资金绩效审计评价的研究亟待加强。然而目前存在绩效审计评价对象范围狭窄、审计内容未以“3E”为核心以及指标设置缺乏系统性、协调性等问题，影响了政府环保资金绩效审计评价作用的充分发挥，这是一大难点。本文运用公共受托责任理论、新公共管理理论、系统论理论的思想与方法，收集国内外环保资金绩效审计评价理论和实践研究，对环保资金绩效审计评价进行了系统研究。以环保资金的功能为标准，将环保专项资金项目分为五类，这样分类易于理解、涵盖所有环保项目、更有利于绩效考核。在此基础上参照逻辑框架法，设置了五类环保项目的绩效审计评价指标，在具体实施评价时，可根据评价目的和评价对象的不同，有针对性地从指标库中选择恰当的评价指标；指标设置时，除了定性指标外，还运用定量指标对往往难以从数量上加以概括的社会效益和环境效益等进行衡量与评价。首先，本文阐述了国内外研究现状并对其进行述评，并介绍了环保资金绩效审计评价的概念及理论基础；接着，分析了环保资金绩效审计评价的现状，问题及原因；再次，在系统论的指导下，构建了环保资金绩效审计评价框架，其中采用逻辑框架法在投入、措施、产出阶段设置了环保资金绩效审计评价的共性指标，在影响阶段设置了个性指标；最后，将指标体系运用到株洲M污水处理项目环保资金绩效审计评价中。