乳腺癌新的潜在靶点LncRNA SNHG16

来源 :安徽医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tanxiaoxi
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:越来越多的研究已经表明,长非编码RNA(Long non-coding RNAs/LncRNAs)参与人类恶性肿瘤的发生、发展机制并起到了不可小觑的作用。小核仁RNA宿主基因16(LncRNA SNHG16)在不同类型的癌症及其所属细胞系中均异常表达,同时提示可能与临床预后不良相关。本研究旨在探讨LncRNA SHNG16在乳腺癌中的预后生存及临床病理特点的临床意义,并通过生物学信息预测LncRNA SHNG16参与调控肿瘤的分子机制及信号通路。方法:1)GEO数据库下载乳腺癌(BRCA)数据集(GSE42568、GSE20685、GSE88770、GSE103091、)、从TCGA数据库下载乳腺癌(BRCA)相关数据。2)通过R(3.6.1)软件处理分析乳腺恶性肿瘤与乳腺非肿瘤组织中的LncRNA SHNG16的表达差异,利用UALAN数据库进行验证。3)通过R软件(Survminer package)包预测LncRNA SHNG16在乳腺癌中的生存及预后价值,并在UALAN数据库进行验证。4)通过R软件预测LncRNA SHNG16介导EMT促进乳腺癌转移的蛋白。5)通过R软件分析LncRNA SHNG16与乳腺癌临床病理参数特点之间相关性;GO富集分析预测LncRNA SHNG16在乳腺恶性肿瘤潜在发病机制及细胞信号传导途径;并将LncRNA SNHG16相关基因上传到在线工具STRING分析蛋白质之间的相互作用关系;再利用Cytoscape插件绘制基因共表达网。6)运用荧光定量PCR、蛋白印迹实验WB检测目标基因的蛋白或目标RNA的表达水平。采用The R language version 3.6.1软件、Cytoscape插件、Graph Pad Prism 8.0软件绘图。所有的数据分析均由R语言完成。结果:1)LncRNA SNHG16在乳腺恶性肿瘤中的表达量存在明显差异(p<0.05)。2)Kaplan-Meier生存分析显示,高风险组总体生存率(OS)低于低风险组(UALAN在线数据(P=0.035);GSE42568数据集(P<0.001);GSE20685数据集(P=0.014);GSE88770数据集(P=0.016);GSE103091数据集;(P=0.003))。3)预测高表达的LncRNA SHNG16可能与Snail1蛋白介导的EMT促进乳腺癌的转移。4)临床病理分析显示,雌激素(ER)阴性(P<0.001)、孕激素(PR)阴性(P<0.005)、基底细胞样(Basal)(P<0.001)、浸润性导管癌(Infiltrating Ductal Carcinoma)(P<0.001)与LncRNA SHNG16的表达显著相关,年龄(P<0.005)与LncRNA SHNG16的表达明显相关。单因素和多因素分析回归模型显示,年龄(P=0.009)、Her-2(P=0.002)可以作为乳腺癌患者的独立预后因素。5)KEGG途径富集表明:LncRNA SHNG16的大部分相关基因主要是参与细胞周期(Cell cycle)通路。GO-MF途径富集表明:LncRNA SHNG16的大部分相关基因主要功能是参与催化RNA活性(catalytic activity,acting on RNA)。GO-BP途径富集表明,LncRNA SHNG16的大部分相关基因主要参与ncRNA代谢过程(ncRNA metabolic process)。GO-CC途径富集表明:LncRNA SHNG16的大部分相关基因主要位于染色体区域(chromosomal region)。6)前10的核心枢纽基因为:CEP55、BUB1、KPNA2、NCAPG、AURKA、CCNB2、TRIP3、CCNA2、MAD2L1。结论:我们研究发现LncRNA SHNG16参与乳腺癌中多种信号通路的调节,并与乳腺癌的中的总体生存率(OS)有关。LncRNA SHNG16可以作为乳腺癌的一个潜在靶点,为乳腺癌的治疗提供一种新思路新方法。
其他文献
医院建筑的设计与医疗服务功能关系密切。建筑设计的人性化与生态化对于医院建筑非常重要。目前医院建筑的外观设计,缺乏人性化的色彩搭配、交通设计、功能布局,影响医疗服务效率及患者的就医体验,也一定程度上加剧了医患关系的紧张态势。生态建材的开发与使用在环境保护中扮演着重要的角色,新技术、工艺、材料、信息智能的加入,使得建筑设计需要不断地进行动态调整。建筑理念作为设计的指导思想,反映建筑承载的历史文化内涵,
学位
目的:调查原发性肝癌术后患者创伤后成长水平,分析原发性肝癌术后患者创伤后成长的影响因素,为今后对原发性肝癌术后患者创伤后成长进行干预性研究提供依据。方法:本研究属于横断面调查研究,采用便利抽样的方法,根据纳入排除标准选取2019年12月-2020年12月在安徽省某两所三级甲等医院肝脏外科及介入科住院的241例原发性肝癌术后患者作为研究对象。使用患者一般资料调查表、创伤后成长量表、痛苦表露指数量表修
学位
十月革命不仅揭开了世界现代史的新纪元,而且还为中国送来了马克思列宁主义。这一学说在传入中国后就成为无产阶级和被压迫民族谋求解放的革命学说,成为唤醒无产阶级和被压迫民族奋起的革命号角。自1921年中国共产党成立起,以毛泽东为代表的中国共产党人便开始进行建党、建军、建国,以及寻找革命道路等若干重大问题的理论和实践双重探索,为马克思主义中国化指明了方向。1937年,毛泽东的《实践论》《矛盾论》两本著作,
学位
去泛素化酶OTUD6B调控p VHL抑制肾透明细胞癌转移背景:肾细胞癌(Renal Cell Carcinoma)是起源于肾小管上皮的恶性肿瘤,根据2020年《World Cancer Report》中报告显示,在世界范围内,肾癌的发病率约占成人恶性肿瘤的3%,肾癌的组织病理类型最常见的为肾透明细胞癌(clear cell Renal Cell Carcinoma),约占肾细胞癌的80%,并且在近
学位
自来水厂作为供水的重要部门,在生产生活用水中的一系列流程下也浪费了不小的水量,如果将这些浪费的资源重新利用再回收,那么我国在用水上面临的窘境也有了缓冲。在生产水的系列流程中,滤池反冲洗废水常常作为废弃物直接被水厂粗放式地排入水体,这种做法不仅仅是浪费了水资源,也进一步污染了水体。而在实际的应用中,由于处理反冲洗废水由于污染物和成本等各种实际情况,需要按照具体情况来选择最合适的处理方法。本课题主要以
学位
目的:探究过氧化物酶6(PRDX6)在卵巢型子宫内膜异位症(OEM)患者中的宫腔内在位内膜组织和异位病灶处的内膜组织及血清中存在的表达差异。方法:收集20例OEM患者的血液标本留取血清、宫腔内在位子宫内膜和异位内膜组织,同期收集20例对照组女性的血清标本和正常内膜组织。通过免疫组化、蛋白质印迹法(Western Blot,WB)、实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(q RT-PCR)和酶联免疫吸附(E
学位
背景肺癌是世界上导致癌症死亡的主要原因且肺癌患病率和死亡人数正在逐年上升。癌因性疲乏是一种与癌症或癌症治疗相关的主观感觉,与近期活动不成比例且无法通过休息缓解的疲劳或疲惫感。目前,饮食干预虽然被认为是CRF的关键治疗策略之一,但是减轻CRF的最合适膳食方案尚未建立。越来越多的证据表明炎症状态与CRF的发生、发展以及预后之间存在密切的联系。关键是观察到的炎症水平是否可以通过抗炎饮食来修饰,以及这种修
学位
在表观遗传学研究中,染色质可及性变化对基因表达起到了重要的调控作用。单细胞染色质可及性测序技术不断发展的同时,也对庞大数据的分析技术及平台构建提出了艰巨的任务。尽管与单细胞可及性测序技术相关的在线分析平台层出不断,但是一些分析平台功能不够全面,而且受到网络访问的限制,要求用户需要投入大量时间来熟悉编程语言、配置环境。为此本研究开发了一个基于R语言、HTML、层叠样式表(CSS)、Java Scri
学位
目的丙泊酚和七氟烷是目前常用的全身麻醉剂,以往的临床研究指出两者均可以影响术后疼痛的发生率及术后阿片类药物的使用量,但是最终的说法却无法达成一致。因此,针对接受全膝关节置换术(total knee arthroplasty,TKA)的慢性疼痛患者,我们评估了七氟烷或丙泊酚麻醉维持对其术后疼痛发生率的影响。方法1研究对象和分组:我们将计划在本院接受择期TKA手术且术前VAS评分>4分的97例患者随机
学位
目的探讨难治性肾性甲状旁腺功能亢进症患者在实行甲状旁腺切除术后严重低钙血症的发生率,分析其危险因素。方法回顾纳入的784例于2011年1月1日至2019年4月30日期间在安徽医科大学第二附属医院实施了甲状旁腺全切除术+自体移植术或甲状旁腺全切术的难治性肾性甲状旁腺功能亢进症患者,收集年龄、性别、原发病、透析龄等人口统计学资料,检测术后血清钙、血清磷、血清甲状旁腺激素。根据术后血清校正钙是否低于1.
学位