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本研究利用12对微卫星引物对来自我国长江流域的夹江群体（JIA）、洞庭湖群体（YUE）、武汉群体（WUH）、鄱阳湖群体（XIN）、太湖群体（WUX）以及淮河下流的灌南群体（GUA）等6个二倍体泥鳅野生群体进行了遗传多样性分析。首先对采集来的6个群体共计291尾泥鳅个体进行倍性检测,结果显示:洞庭湖群体和武汉群体中分别有40尾和38尾泥鳅是四倍体（2n=100）,其余213尾为二倍体（2n=50）。其中二倍体泥鳅用于遗传多样性和遗传结构分析,结果表明:1.12个微卫星位点在这6个泥鳅群体中共检测到64个等位基因,平均每个位点5.33个,数目最多的位点是Mac425,为11个,最少的位点是Mac576和Mac627,均为2个。每个位点的等位基因在不同群体中的分布规律不同。2.Hardy-Weinberg平衡检验结果显示:6个泥鳅群体整体上在4个微卫星位点（Mac49、Mac229、Mac425和Mac456）偏离Hardy-Weinberg平衡,各泥鳅群体整体上均偏离Hardy-Weinberg平衡。3.12个微卫星位点在6个泥鳅群体中的平均多态信息含量（PIC）在0.052～0.757之间,平均观察杂合度（HO）在0.050～0.968之间,平均期望杂合（HE）在0.056～0.791之间。6个泥鳅群体的平均PIC为0.192～0.465,平均HO为0.333～0.517,平均HE在0.240～0.501之间。6个泥鳅群体的遗传多样性处于中等水平,其中以洞庭湖群体的遗传多样性最高,鄱阳湖群体、灌南群体次之,而夹江群体的遗传多样性最低。4.6个群体在各位点上的平均FST值为0.228。群体间的遗传分化系数GST为0.185,群体遗传变异的22.85%来自群体之间的变异（P＜0.001）,表明6个群体间存在高度遗传分化。5.长江上游夹江群体与长江中下游以及淮河下游群体间成对固定指数FST（0.282～0.399＞0.25）较大,基因流（Nm）较小（0.376～0.637＜1）,表明存在高度遗传分化;长江中下游的四个群体间FST（0.093～0.195）和Nm（1.000～2.431）处于中等水平,说明存在中度遗传分化;淮河下游的灌南群体与长江流域的太湖群体间FST（0.020）最小,Nm最大（12.021）,表明它们间的遗传分化最小。6.6个泥鳅群体间Nei’s遗传相似度（I）为0.707～0.979,遗传距离（D）为0.021～0.346。夹江群体和太湖群体间遗传距离最大（0.346）,灌南群体和太湖群体间遗传距离最小（0.021）。根据遗传距离构建的UPGMA和N-J系统树将这6个泥鳅群体分为2支:灌南群体、太湖群体、鄱阳湖群体、洞庭湖群体和武汉群体5个群体聚为一支,夹江群体单独聚为一支。其中,鄱阳湖群体和洞庭湖群体聚为一个亚支,灌南群体、太湖群体以及武汉群体聚成另一个亚支。