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毛茛叶报春(Primula ranunculoides Chen)是我国特有的珍稀濒危花卉,其野生种质资源已十分稀少。为了揭示其谱系地理结构,论文对其代表整个分布区的11个居群(114个个体)的两段叶绿体片断(trnL-F和trnS-G)和核基因ITS片断分别进行了测序分析。结果ITS分子标记共区分出5种单倍型,其中湖北和江西交界外的SJA、SJB、YJPA、YJPB、YL、MZS 6个居群共用一种单倍型H5,YMSB和YMSC共用单倍型H3,剩下各居群均为单一单倍型。叶绿体分子标记以及将三段序列联立共检测到10个单倍型,除YJPA和YJPB两个居群共享一个单倍型(H9)外,其余各居群均仅有一个特有单倍型,居群内不存在单倍型多样性。ITS分子标记的区分度低于叶绿体分子标记,且分析结果支持叶绿体分析结果。毛茛叶报春具高分化的谱系地理结构,基于叶绿体片段居群间的总平均遗传距离达0.015,单倍型间的平均突变次数高达31.2步,两者均显著高于同属的近缘种。基于ITS片段居群间总平均遗传距离为0.009,单倍型间的平均突变次数为6.3步。三段序列联合居群间的总平均遗传距离为0.013,单倍型间的平均突变次数高达35.4步。其种子散布能力弱、生境片断化和地理隔离明显及二年生的生活史可能是导致其高分化谱系地理结构产生的主要原因。此外,阳明山地区(YMSA、YMSB、YMSC)及金盆塘(JPT)居群的花朵为同型花,其他地区均为异型花,同型花与异型花居群间单倍型分化显著,遗传距离也较大,而具异型花的居群间的遗传分化较小,预示着花型的变化伴随着繁育系统的转变(异交转化成自交)可能促进新物种的形成。Samova,Structure以及TCS分析均支持将毛茛叶报春11个采样居群的遗传结构分为6组,它们与地形(山脉)关系密切对应,彼此间分化明显,因此建议不同山体的居群应视为不同的保护单元进行遗传管理。