北京市当前实行与各地政府相似的财政分配方式,主要是基于各区县创造的GDP和上缴的税收作为基本的测量依据进行财政分配。但在四类主体功能区明确划分,政府工作业绩不再以单纯的GDP衡量而更加注重环境价值的情况下,传统的财政分配方式便存在相当的局限性。由于生态涵养区各区县的生态功能定位,该区主体工作的价值,即森林生态价值很难纳入到现有的财政分配核算中,严重影响了生态涵养区政府林业工作的积极性。北京市委在通过考察欧洲碳交易市场,了解碳汇价值核算的基础上,提出了基于森林生态价值的财政分配改革思路,但却缺乏理论、定量模型以及数据支撑。本文拟在此背景下,对森林生态价值计量、财政分配等相关理论进行梳理分析,理顺上述改革思路的总体框架,建立实用的生态价值计量模型并作定量分析,最终提出完整的以森林生态价值为基础的财政分配改革方案。本文在深入研究碳汇价值计量理论的基础上,构建了用主成分替代法估算森林的生态价值的模型并进行实证研究。得出2011年生态涵养区各区县的生态替代价值分别为：平谷区：7089.16万元；怀柔区：11625.52万元；密云县：15808.24万元；延庆县：13167.67万元；门头沟区：9103.61万元。通过对财政分配相关理论及实践的分析总结,指出政府可以通过三种财政分配方式,实现以森林生态价值为基础的财政资金获取及配置。并且进一步对三种财政分配方式进行了理论和实证分析,提出了以税收返还模式为主,财政转移支付及专项资金计提模式为辅的财政分配实现形式。从而解决了本改革方案中制度实现的核心难题。通过以上研究,本文最终提出了完整的以生态价值为基础的财政分配方案。该方案受到相关政府部门肯定,本文建议选取密云县为试点区县,如试行成功,可以推广到生态涵养区其它区县以至于其它省市区县。