肺癌EGFR基因突变检测方法的建立及临床应用

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目的肺癌是癌症死亡的主要原因之一,目前全世界每年有近1.3亿人死于肺癌。肺癌治疗仍基于传统的外科手术,预后较差,5年生存率仅有15%。近年来,分子靶向药物表皮生长因子受体酪氨酸酶抑制剂(EGFR-TKIs)治疗早期肺癌的临床效果得到证实,尤其在EGFR基因突变患者效果更显著。因此,在临床用药前对肺癌患者基因突变状态进行检测,可正确指导临床个体化用药,减轻患者经济负担,提高分子靶向药物治疗疗效。目前EGFR基因突变检测的“金标准”方法仍为基因测序,但其耗时、费用高等原因而不能广泛应用于临床,临床迫切需要一种准确快速的检测方法为其提供检测结果,从而指导临床用药。本实验旨在建立高分辨率熔解曲线方法检测EGFR基因突变,对其进行方法学评价及临床应用,证实其可行性。方法根据EGFR基因18外显子(E-18)、19外显子(E-19)、20外显子(E-20)、21外显子(E-21)基因序列分别设计合成四对特异引物,在LightCycle480Ⅱ实时荧光定量PCR仪优化体系建立检测EGFR基因突变的HRM方法,对方法进行灵敏度与重复性评价,并与金标准基因测序方法检测结果相比较,计算两种方法检测结果的符合率。统计93例FFPE标本和32例新鲜组织标本EGFR基因突变率,统计分析两种标本突变率是否存在差异;统计32例组织与血清配对标本突变结果的符合率;HRM结果通过基因测序方法验证;分析EGFR基因突变与性别、是否吸烟、肺癌组织类型和TNM分期的关系。结果对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳得到单一条带,且与理论目的片段大小一致的条带。HRM方法与基因测序方法结果阳性符合率为100%;阴性符合率为的条带。HRM方法与基因测序方法结果阳性符合率为100%;阴性符合率为93.3%;总符合率为96.8%。将已知突变样本DNA用野生型样本DNA稀释,对外显子18、20、21HRM方法可检测到稀释至5%的突变模板,外显子19HRM方法可检测到稀释至2.5%的突变模板。 HRM方法检测E-18、E-20、E-21的临界值为10ng/μl,检测E-19的临界值为5ng/μl。93例FFPE标本中,HRM法检测出EGFR基因突变共51例,总突变率为54.8%(51/93);32例新鲜组织中共检测出18例突变,突变率为56.3%(18/32),两类标本的突变率无显著性差异(P>0.05);32例组织与血清配对标本,EGFR基因突变阳性标本检出的符合率为94.44%(17/18),阴性标本为100%(14/14)。EGFR突变常发生在女性患者、非吸烟患者、肺腺癌的患者(均为P<0.05),临床分期Ⅰ、Ⅱ与Ⅲ、Ⅳ的患者EGFR基因突变无显著性差异(P=0.168)。结论我们建立的高分辨率熔解曲线法检测EGFR基因突变,是一种灵敏度高、重复性好、简单易行的方法。其临床应用表明高分辨率熔解曲线法能准确检测NSCLC患者组织或血清EGFR基因突变,快速、经济、可有效减少污染,适宜临床推广应用。
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