对比西方国家，事实上我国高等教育发展的现状和发展的速度以及潜力远远落后，发展速度也不快，很明显的是我国高等教育已经发展到一个瓶颈时期，整个教育体系和教育制度无法适应教育现状。高等教育体系中的权力结构和高等教育的实际权力来源出现严重矛盾，导致高等教育中的利益分配不均，利益主体无法实现有效制衡，高校的发展无法跟上时代发展的需求。本文以公共治理理论为基础理论，结合权力理论、经济理论，吸取企业管理理论以及其他相关理论的适用部分，对高校治理机制的改革提出一个新的思考逻辑和视角，对高校治理机制的改革进行重新审视，希望对高等教育改革尽可能做出新的贡献。高校治理机制改革要解决的核心问题是高校权力来源主体所实际赋予高校的权力如何在高校治理实践中分配以保障广大利益相关者利益，实现公平的利益分配和建立有效的利益制衡机制，以促进高校快速全面健康发展。本文认为高校治理机制的改革之所以出问题，原因在于高校的实际权力来源和目前高校的权力结构之间出现了严重的不协调，使得利益主体之间的利益分配不均，高等教育环境不公平不健康，高等教育改革缺乏根本的法律保障，无法打破既有的利益格局和触动相关利益集团的利益，无法形成新的利益分配机制和制衡机制，从而使得高校治理机制改革步履维艰。高校治理机制改革要从高等教育以及高校治理方面的法案建立和完善开始，让一切高等教育和高校治理机制改革有法可依，在改革过程中减小某些利益集团的阻碍。高校治理机制改革的重要基础保障是高校要取得真正的法人资格，取得真正的法人资格后，高校的一切改革均可内部化独立化，可以在很大程度上摆脱外界的干扰。建立高校多元联合治理机制，这个利益制衡机制可以让利益群体在相对公平和自主的平台上进行利益制衡以实现进一步的公平，并促进高等教育快速高质量发展。在高校多元联合治理机制下，高校可以自主的对内部进行改革，可以自主的对高校进行管理和运作，保障了学术的自由和自主，保障了高校基本功能的有效发挥。