【摘 要】
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为揭示非编码RNA在捻转血矛线虫对阿苯达唑耐药性产生过程中可能的调控机制,本研究选取标准敏感虫株和给药前、后耐药虫株进行Small RNA建库测序分析,将所有已知和新的miRNA进行靶基因预测分析,筛选敏感虫株和耐药虫株以及耐药虫株给药前后间显著差异的miRNA及其靶基因,构建miRNA-m RNA调控网络,对筛选出的捻转血矛线虫耐药相关hco-miR-5896和hco-miR-86及其靶基因WD
【基金项目】
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国家自然科学基金资助项目“内蒙古地区绵羊主要消化道线虫耐丙硫咪唑分子调控机制研究”(项目号:31760731); 内蒙古自治区科技计划项目“绵羊胃肠道线虫种群监测及驱虫用药指导体系的建立”(项目号:201702074);
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为揭示非编码RNA在捻转血矛线虫对阿苯达唑耐药性产生过程中可能的调控机制,本研究选取标准敏感虫株和给药前、后耐药虫株进行Small RNA建库测序分析,将所有已知和新的miRNA进行靶基因预测分析,筛选敏感虫株和耐药虫株以及耐药虫株给药前后间显著差异的miRNA及其靶基因,构建miRNA-m RNA调控网络,对筛选出的捻转血矛线虫耐药相关hco-miR-5896和hco-miR-86及其靶基因WDFY3和CAC通过双荧光素酶基因报告系统进行靶向关系验证。主要研究结果如下:1.对捻转血矛线虫阿苯达唑标准敏感虫株和耐药虫株进行Small RNA测序分析,共鉴定到2955个miRNAs。以FDR<0.05且|log2(Fold change)|≥1为筛选条件进行差异表达分析,共筛选出294个差异显著的miRNA,其中显著上调113个,显著下调181个。对差异表达的miRNA进行功能富集和通路注释,差异miRNA靶基因主要集中在代谢途径、大分子复合物和运输活动等GO terms以及Fox O信号通路、m TOR信号通路和PI3K-Akt信号通路,这些通路均与药物抗性相关。2.根据捻转血矛线虫阿苯达唑耐药虫株给药前和给药后的Small RNA测序结果,给药前与给药后分别鉴定到1455个和1337个miRNA,共筛选出188个显著差异的miRNA,其中125个显著上调和63个显著下调。功能富集分析发现,显著差异表达的miRNA靶基因主要参与ATP的结合与转运,代谢过程以及糖酵解等功能。KEGG通路富集结果显示ABC转运蛋白、HIF-1信号通路和细胞色素P450药物代谢通路注释到大量基因,与前期转录组分析结果一致。3.根据miRNA表达分析结果,挑取存在显著差异的hco-miR-5896和hco-miR-86通过Target Scan、Miranda和RNAhybrid等软件对靶基因进行预测,对WDFY3和CAC两个基因目的片段进行克隆测序及生物信息学分析,成功构建了这两个基因的野生型及突变型双荧光素酶报告基因载体,通过双荧光素酶报告基因系统证明hco-miR-5896与WDFY3,hco-miR-86与CAC存在靶向结合关系。综上所述,通过捻转血矛线虫阿苯达唑敏感虫株和耐药虫株鉴定到大量的miRNA,并成功验证2组存在调控关系的miRNA和靶基因,研究结果可为捻转血矛线虫耐药性相关研究提供依据。
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