在知识经济时代，知识创造和人才培养对建设国家创新体系提出了新要求。研究型大学在国家创新体系中发挥着十分重要的作用。在我国高等教育宏观结构性调整已经基本完成的情况下，高校内部的学科建设和组织结构调整工作成为了新的战略发展期的重要课题。而当前在研究型大学中，学科建设发展过程中存在着一系列的问题，反映出对学科规律性问题的研究存在不足，影响到对学科本质的把握，需要进行系统的、结合管理科学和教育科学的深入研究来加以解决。 本文的逻辑框架是：基于学科的基本范畴，明确学科问题在整个国家科技和教育体系中的重要地位和作用，从组织和组织创新理论角度出发，提出学科组织创新和学科组织核心能力的重要概念，明确提出学科组织创新是研究型大学改革与发展的本质。论文分析了学科组织要素，提出以提升学科组织核心能力为目的的学科组织创新理论模式，包括学科组织战略、结构和文化创新。并运用国内外知名研究型大学学科组织创新的案例实证研究、学科组织要素和学科组织创新的调查统计分析、学科组织创新的系统动力学模型构造等研究途径，深入研讨通过学科组织创新和学科组织要素建设以提升学科组织核心能力，促进研究型大学学科建设发展的根本途径。 第一章提出了全文的研究背景：知识经济时代中知识创造和人才培养对建设国家创新体系的新要求，以及研究型大学在国家创新体系中发挥的重要作用。当前在研究型大学中，学科建设发展和对学科问题的研究都存在较多问题，为此而提出本文的研究思路和途径。 第二章主要对有关学科的基本概念、发展历程、跨学科、大学学科组织结构的发展历程、组织、组织创新等问题的理论研究成果进行综述，为下一步的深入研究奠定基础。 第三章从组织理论的研究成果出发，把学科问题的研究集中到学科组织问题为主的研究，分析学科组织的内涵、构成要素，使本文的研究工作集中化。同时，本文创造性地将管理学中的重要概念——核心能力运用到学科组织问题的研究中，提出了学科组织核心能力的概念并分析其内涵、要素和特征。在此基础上，基本明确了本文解决问题的途径。 第四章则基于组织和组织创新理论，针对学科组织核心能力提升的目标，着重对学科组织战略创新、学科组织结构创新、学科组织文化创新等问题进行了重点研究和论述，设计了有关的学科组织创新理论模式。 第五章以德国柏林工业大学、东京大学、美国麻省理工学院、浙江大学等国内外知名研究型大学的相关学科的学科组织创新为案例，对学科组织战略、结构和文化等方面的学科组织创新情况，以及学科组织流程、人员队伍、物质技术基础等方面的学科组织要素情况进行案例实证研究与分析，一方面对第三章、第四章研究提出的学科组织要素、学科组织创新理论模式等进行论证，同时也对学科组织创新提出进一步的建议。 第六章通过定量统计方法，分析学科组织要素之间的关系，总结学科建设发展的关键影响因素，对学科组织创新和学科组织要素对学科组织核心能力的影响进行统计分析，从而对前述的学科组织要素、学科组织创新理论模式等问题给予论证和支撑，以求对学科建设加以指导，使之按照有效的方式进行。 第七章运用复杂科学的相关概念和基本理论，分析了学科所具有的系统复杂性，论证了复杂科学理论适用于学科组织研究的可行性。运用复杂科学的协同学理论，解释学科组织发展的规律。在此基础上，运用复杂性理论中的重要方法—系统动力学方法，建立了学科组织创新的系统动力学模型，对学科组织创新理论模式的相关部分进行定性和定量结合的分析与运算，验证其对提升学科组织核心能力的有效性，.第八章对全文进行总结，归纳本文的主要结论，并对今后进一步的研究工作进行展望。 本文着力将教育科学和管理科学与工程理论在学科组织问题的研究上有机结合，同时把握学科组织问题的系统特征，运用复杂科学及系统方法加以研究和分析，合理使用了系统动力学建模和统计分析方法，为将现代管理科学与工程理论和分析方法运用在高等教育问题的研究上，进行定量和定性相结合的研究作了努力尝试。