中国天津地区人群8q24区域基因多态性与前列腺癌的关联性研究

来源 :天津医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ycmk07js2
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前列腺癌(prostate cancer, PCa)是男性泌尿生殖系最常见恶性肿瘤之一,是严重威胁男性健康的疾病。目前,中国男性PCa的发病率呈逐年上升趋势。由于PCa发病早期症状不明显,容易延误了早期治疗的宝贵时间。人类基因组计划(human genome project, HGP)已经证实多个基因SNP变异位点与欧美人群中PCa发病风险有很强的关联性,本论文探索其临床预测价值和筛选PCa高危人群的检测方法。以上关联性已经在欧洲裔美国人、美国黑人、夏威夷本土人、日本人群、亚洲印度人群得到验证。本论文研究2个在欧美人群中与PCa高度关联的基因SNP (single nucleotide polymorphism, SNP)变异位点rs6983267和rs1447295位点在中国天津地区人群中与PCa关联性,期望为PCa的早期诊断提供支持。研究目的:对两组各40人PCa组和对照组进行rs1447295和rs6983267两个SNP位点的对比,并进行基因型分型研究,验证这两个SNP位点的基因型和等位基因型在中国天津地区人群中与PCa的关联性。研究方法:(1)SNP位点的选择在美国国立生物技术信息中心NCBI (National Center of Biotechnology Information) Entrez数据库检索系统中的PubMed, Public Medical生物医学文摘数据库上进行PCa SNP位点搜索,记录与PCa密切相关的SNP "rs"号。经过筛选确定本论文研究的与PCa密切相关的2个均位于染色体8q24上的rs1447295和rs6983267位点。(2)研究对象本论文中的两组样本于2007年2月~2009年8月期间由天津医科大第二医院泌尿外科收集,其中40例由中国天津地区病理确诊为PCa患者的PCa组,以及2006年~2008年40例中国天津地区60岁以上老年男性健康人群的对照组。(3)PCa组和对照组样本DNA的提取采集PCa组EDTA抗凝血样本和对照组分离胶分离出的血凝块样本的DNA。血液基因组DNA提取试剂盒(TIANGEN公司DP318),用于抗凝血样本DNA提取,通用基因组DNA提取试剂盒(TAKARA公司DV811A),用于血凝块样本DNA提取。(4)获取含有2个SNP位点在内的目的DNA片段最后在引物的引导作用下,经过PCR扩增获得含有2个SNP位点在内的目的DNA片段。(5)应用直接测序法对SNP位点进行基因型分型经PCR扩增获得含有SNP位点在内的目的DNA片段,应用ABI3730型基因分析仪直接测序,以碱基排列顺序的形式输出,应用Chromaslite 201软件对基因型进行分型。(6)基因型及等位基因型实验结果的统计处理①对PCa组和对照组rs6983267和rs1447295SNP位点基因型频率的分布作Hardy-Weinberg遗传平衡性检验。②对PCa组和对照组rs6983267和rs1447295SNP位点基因型和等位基因频率作卡方检验(X2 test)的关联性检验。③评估PCa组和对照组rs6983267和rs1447295SNP位点基因型与PCa相关联的程度。以上数据统计均用统计分析软件进行统计分析(SPSS统计软件,13.0版)。研究结果:对PCa组和对照组rs6983267和rs1447295SNP位点基因型和等位基因频率作卡方检验(X2 test)的关联性检验,以频率(Probability,P)值为0.05为显著性概率判断标准,以优势比(odds radio,OR)值为1相对危险度的判断标准,分析结果如下。(1)对PCa组和对照组rs1447295SNP位点基因型和等位基因频率作X2 test的关联性检验。①PCa组和对照组rs1447295SNP位点基因型中,与CC基因型相比,AC基因型携带者的患PCa风险增加,且有显著的统计学意义,AC基因型携带者的患PCa风险是CC基因型携带者的4.714倍,为前列腺癌发生的危险因素(OR=4.714,P=0.024,P<0.05)。②与CC基因型相比,AA基因型携带者患PCa风险没有增加。(P=0.261,P>0.05)。③与CC基因型相比,AC+AA基因型携带者患PCa风险也没有增加。(p=0.117,P>0.05)。④rs1447295SNP位点A等位基因频率比C等位基因频率高,但PCa组与对照组人群A和C等位基因频率无显著性差异,rs1447295A等位基因携带者与患PCa无关联性(P=0.504,P>0.05)。(2)对PCa组和对照组rs6983267SNP位点基因型和等位基因频率作X2 test的关联性检验。①与TT基因型相比,GT基因型携带者患PCa风险没有增加。(P=0.679,P>0.05)②与TT基因型相比,GG基因型携带者的患PCa风险增加,且有显著的统计学意义,GG基因型携带者的患PCa风险是TT基因型携带者的5.486倍(OR=5.486,P=0.012,P<0.05)。③与TT基因型相比,GT+GG基因型携带者患PCa风险也增加,且有显著的统计学意义,GT+GG基因型携带者的患PCa风险是TT基因型携带者的4.329倍(OR=4.329,P=0.012,P<0.05)。④rs6983267SNP位点G等位基因频率比T等位基因频率高,并且PCa组与对照组T和G人群等位基因频率有显著性差异,rs6983267G等位基因携带者与患PCa有关联性,G等位基因携带者的患PCa风险是T等位基因携带者的2.251倍(OR=2.251,P=0.011,P<0.05),为前列腺癌发生的危险因素。研究结论:本论文选用了2个与PCa高度关联的基因SNP位点rs6983267和rs1447295,分别研究了它们在中国天津地区人群中与PCa的关联性,结论如下:(1)我们的研究中仅证实rs1447295的SNP位点AC基因型在中国天津地区人群中与PCa的发生有关联性(OR=4.714,P=0.024,P<0.05)。A等位基因与PCa的发生无关联性(P=0.504,P>0.05)。结果与文献报道不太一致。文献报道,美国白人和黑人,欧洲以及日本人群中rs1447295的SNP位点A等位基因与PCa的发生均有密切关联性。(2)我们的研究中证实rs6983267SNP位点的G等位基因(OR=2.251,P=0.011,P<0.05)和GG基因型(OR=5.486,P=0.012,P<0.05)和GG与GT基因型(OR=4.329,P=0.012,P<0.05)在中国天津地区人群中与PCa的发生有密切关联性,结果与文献报道趋于一致。文献报道,美国人和欧洲波兰人,以及日本人群中rs6983267SNP位点G等位基因与PCa的发生均有关联性。
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