在我国当前的医疗保险制度下,"看病难,看病贵"一直是全国民众和各类相关机构所头疼的问题。医疗服务费用的增加,进而会增加病患的经济负担,从而会进一步恶化当前的医患关系。想要提高全民的医疗保障水平,促使我国医疗保障制度进一步完善,以医疗费用支付方式为切入点进行医疗保障制度改革是当前医疗改革的重要一环。目前我国新型农村合作医疗的发展面临着要以较低的筹资水平来提高医疗保障水平的挑战。按病种付费机制是一项以病种分组和定价为技术核心的医疗保险支付方式,根据国际经验显示,按病种付费机制可以有效控制不合理的医疗费用增长,同时还能在提高医疗服务质量和效率等方面能够发挥积极作用。我国在新型农村合作医疗制度建立以及推广初期就开始积极探索和实施按病种付费机制改革。安徽省新农合作为我国新农合的重要成员,当前其医保基金已经面临透支的风险,原定的给医疗机构以定额补贴的补偿方式面临着严峻考验,各类补贴定额是否合理、医保基金是否存在浪费这一系列问题亟待解决。根据安徽省新农合所面临的问题,本研究以安徽省县级行政区医疗机构为研究对象,运用文献分析、描述性统计分析、双重差分模型以及稳健性检验等工具,首先对当前安徽省新农合目前实行按病种付费的方式进行了分析。目前安徽省新农合实施的按病种付费机制的一项具体手段是自己编制一套新的疾病代码系统,并与国际上通用的ICD-10编码构成一一对应的关系,并以新的编码系统作为执行按病种付费机制的基准。其次,本研究在此基础上分析了按病种付费机制对安徽省县级行政区域医疗机构的医疗服务费用的影响情况,并得出定量的研究结果。在此之后,本研究对当前的研究结果进行了检验,得出对于不同疾病,按病种付费机制会有不同的效果。最后,本研究给出了当前研究的拓展方向,并给出新农合改进按病种付费机制的相关建议。