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弧唇裂腹鱼Schizothorax curvilabiatus隶属于鲤科(Cyprinidae)裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)裂腹鱼属(Schizothorax),分布在雅鲁藏布江下游干支流及察隅河,为西藏特有鱼类。本研究首先利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)构建了弧唇裂腹鱼的SLAF文库,开发了大量的单核苷酸多态性(SNP)位点,分析了两个弧唇裂腹鱼群体的遗传多样性和亲缘关系,同时挖掘了受选择基因的功能,分析了造成上述结果的原因,获得的主要结论如下:1.实验选择RsaⅠ+HaeⅢ的内切酶组合来酶切弧唇裂腹鱼基因组,将日本晴水稻(Oryza sativa ssp.japonica)作为对照组,利用Illumina测序平台对20条弧唇裂腹鱼测序,本实验共获得379129个SLAF标签,标签的平均测序深度为147.94x,其中,多态性SLAF标签有156262个,共获得506990个SNP位点。2.从实验获得的506990个SNP位点中,根据完整度(INT)≥0.5,次要基因型频率(MAF)>0.05过滤,筛选出154224个高一致性的SNP位点用于群体遗传学分析。墨脱群体和易贡湖群体的观测等位基因数、期望等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、Nei’s多样性指数、香农指数、多态性信息含量分别为:2.0000、1.6077、0.3577、0.3586、0.4061、0.5371、0.2877和2.0000、1.5149、0.2867、0.3149、0.3283、0.4842、0.2569。3.通过使用上述SNP位点对两个弧唇裂腹鱼群体进行连锁不平衡分析、系统发育分析、主成分分析、群体聚类分析、选择性清除分析,得知墨脱群体的遗传多样性高于易贡湖群体,两群体之间仅产生了中等程度的遗传分化,亲缘关系较近,且两群体间还可能存在少数个体的双向交流。4.通过将选择性清除得到的受选择基因注释到KOG、GO、KEGG数据库并进行富集分析,得知KOG功能分类中占有的基因数目最多的蛋白功能类别为信号转导机制,GO功能注释富集显示两群体间变异基因最多的条目为细胞代谢过程,KEGG通路功能注释富集表明了两群体间最大的差异在于蛋白质的消化和吸收上。我们推测两群体所生活的环境中饵料丰度可能存在差距,是导致了易贡湖弧唇裂腹鱼的群体遗传多样性低于墨脱群体的主要原因,这种差距也可能是导致墨脱的弧唇裂腹鱼个体上溯至易贡湖的原因之一。