真核微生物在海洋环境中普遍存在,具有高度多样化的群落。现研究表明,浮游真核微生物在海洋生态系统中占有十分重要的地位:浮游真核微藻是重要的海洋初级生产者;浮游原生动物作为微微型（pico）、微型（nano）与中型浮游生物之间的连接者,充分参与了海洋微食物环内的元素循环。然而,相对于水体,目前我们对海洋沉积物中真核微生物知之甚少。沉积物中真核微生物群落是否也高度多样化?大尺度的时间和空间变化如何影响沉积物中真核微生物的群落组成与分布?这些微生物多样性和地理学问题还有待回答。本工作基于高通量测序技术对真核微生物18S rRNA基因的V4区域展开研究,探讨了亚热带海湾（东山湾和厦门湾）及深海（南海北部和太平洋中部）沉积物真核微生物的多样性、群落结构、对环境和空间因子的响应以及群落结构在不同空间和时间尺度上的分布规律。主要结果如下:（1）对东山湾沉积物真核微生物群落多样性、对环境和空间因子的响应以及群落结构在空间上的分布规律进行研究,结果如下:1)真核微生物群落组成以Alveolata和Stramenopiles为主导,采样月份正值温度较高的季节可能是Stramenopiles高丰度的关键。2)真核微生物α多样性具有显著的水平空间（站位）差异,但在垂直空间（沉积物深度）上没有差异。底层水温度、水深和重金属（铅和锌）等环境因子和沉积物深度、经纬度等空间因子共同影响了真核微生物α多样性。3)底层水温度是导致真核微生物群落组成差异最主要的环境因子,纬度是导致真核微生物群落组成差异最主要的空间因子。（2）对厦门湾沉积物真核微生物其群落多样性、对环境和空间因子的响应以及群落结构在时空上的分布规律进行研究,结果如下:1)真核微生物群落组成以Alveolata、Stramenopiles和Opisthokonta为主导,并且在不同站位间表现出显著差异。2)丰富种和稀有种群落在总体组成上呈现出截然不同的模式。稀有种群落在整个群落中占据主导地位,在群落中观察到的空间异质性可以主要由稀有OTU来解释。3)真核微生物α多样性具有显著的空间（站位）差异,但在时间（月份）上没行差异。4)真核微生物群落结构主要由空间变化所驱动,而时间变化则在解释真核微生物群落随空间变化方面相对不太重要,但是在特定的空间尺度上,时间变化的重要性是不可忽视的。（3）对南海/西太平洋深海沉积物真核微生物群落多样性、对环境和空间因子的响应以及群落结构在空间上的分布规律进行研究,结果如下:1)真核微生物群落组成以 Alveolata、Stramenopiles、Opisthokonta 和 Rhizaria 为主导。其中Alveolata中,除了 S30站位,南海北部九龙甲烷礁附近样品（S3、S18、S31、S34）以 Dinoflagellata 中的 Syndiniales 为主,太平洋中部样品（D16、D17、D18）以Ciliophora中的Spirotrichea为主。Stramenopiles中,南海北部九龙甲烷礁附近样品以MAST为主,太平洋中部样品以Labyrinthulea为主。Rhizaria中,南海北部九龙甲烷礁附近样品以Radiolaria中的Polycystinea为主,并且主要是Spumellarida。其余样品以Cercozoa为主。深海不同于近海的地理环境造就了其独特的沉积物真核微生物群落结构。2)真核微生物α多样性具有显著的垂直空间（沉积物深度）差异,但在水平空间（站位）上没有差异。α多样性主要受沉积物深度、经度和重金属（铜、铅和铬）等因子影响。3)地理距离和深度变化都显著影响了真核微生物群落。4)在深海沉积物中,真核微生物群落不同于在近海沉积物（东山湾）中以水平空间分布为主的空间分布地理模式,而是垂直空间分布和水平空间分布相结合的立体空间分布地理模式。