汉末以至魏晋南北朝时代,史学成为一个独立的学科,史著数量剧增,史书体例繁多,编年体复兴。其中,史书体裁的变化也能反应史学观念的变化,编年体与纪传体的并行,更能适应封建统治的需要。然而,在众多的编年体史书中,保留至今的已只有《汉纪》和《后汉纪》。此时,史学思想也在激荡的时局中表现出繁杂的情势。天人关系的探讨仍在继续,魏晋时代更加注重个人意识的提升;玄学与儒学、佛学合流,在史学思想上,一方面表现在史家和史著中玄风和玄理的渗透,一方面则是史学家仍着重以儒家理论解释历史的变化,思考历史的出路;史书中表达的以史求鉴意识格外强烈,同时注重考察以往,善于从先世的发展中寻求现实社会的统治经验;在争论谁是中国这块领土的主人时,在史学思想上的反映就是正统论的勃兴。透过时代思潮的转变,二书在史学思想上存在诸多可比性。荀悦著《汉纪》,其历史本原思想还徘徊在神、人之间。这一方面是由于受到《汉书》天命史观的影响,一方面也反映出汉末谶纬神学思想对史学的侵润。袁宏著《后汉纪》,强调依据“天人之理”观察历史,实质上是在探究自然和名教的关系,其天命色彩大为减少,更加注重人的作用。这是魏晋动乱时代中个人意识凸显的映像。纵览两《汉纪》的九十余条史论,我们可以体会到,荀、袁二人都善于穿越历史,纵观古今,喜欢从历史的进程中分析问题,喜欢在历史的大跨度中阐发历史见解。然在历史变动问题上,荀悦认为历史现象如同自然现象那样循环往复,并贯之以“五德始终”和“三统三正”的学说,这本质上与《汉纪》强烈的正统观是分不开的。袁宏承认“革代之义”,认为朝代的更替有深层次的原因,抛弃了朝代更替完全依靠机械力量的偏见,实践着“理尽而动”的王朝革代论,履行了其“弘敷王道”的撰述目的。受时代思潮的影响,两《汉纪》的作者有着不同而相通的学术史观。荀悦本质上是儒家学者,认为儒家的道德仁义或名教教化都是绝对正确的,但因为时事的变化,荀悦也关注适应治道变化的道、法思想。袁宏《后汉纪·序》中从名教的角度,对以往史学著作作了一个概括说明,可以视为其学术史观的前提。他肯定学术分歧,自古已然,天下之事,不必相袭。其“道本儒用”说可以视为其学术宽容的体现。《汉纪》较之《后汉纪》在儒家“内圣”之道中更为强调遵从圣人、经典的学说和观点,认为遵从圣人、经典的学说和说教是学习和践行儒家传统思想的重要方式。《汉纪》的三十八条史论,其中引用经典和圣人的观点的占有极大数量,这与《论语》“见贤思齐焉,见不贤而内自省也”的学说一致。《汉纪》“立典有五志”的著述理念最后两项为“著功勋”和“表贤能”,就是要表彰传统儒家心目中的明主贤臣,使他们的功绩更为凸显,为统治者树立良好的榜样。袁宏在《后汉纪·序》中,明确提出了史书的任务是“通古今而笃名教”,目的即在“略举义教所归,庶以弘敷王道”。在《后汉纪》的体例及五十余条史论中,他履行了自己的承诺。袁宏对于统治者的自身修养提出了更多的要求,强调君主应该“躬亲其事,身履其勤”,以身作则,敢为天下先,其名教观是为王道服务的。其中的许多标准尽管也加入了时代特色玄学的成分,但其主旨是从儒家传统思想那里继承而来的。荀、袁二位史家在两《汉纪》中,从体裁、体例、史论等方面,表达或阐发自己的历史主张和看法,显示出以汉民族政权为正统的历史观念,并就夷夏关系提出了各自的见解。从《汉纪》对待夷狄相对宽容的态度,到《后汉纪》中对于戎狄类似避而远之的议论,反映了东汉末年至东晋中叶,汉族与周边少数民族关系的变化。而《汉纪》“立典有五志”的理念和《后汉纪》以名教为武器表达经世致用的意图,都是史学鉴戒功能在治史实践中的贯彻。两《汉纪》在历史编纂学上对编年体通史巨著《资治通鉴》有重要影响,在编年体的发展史上具有不可替代的重要地位。两《汉纪》的史学思想对后世也产生了深远的影响。首先,明确了鉴戒史观作为历史撰述主要宗旨的观点。其次,启迪了史学总结和史学批评意识的发展。再次,为史学的专门化和独立化贡献了力量。