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分子指纹是运用相关的分子标记技术(如RAPD、AFLP、SSR、SNP等)反映生物个体或群体间基因组中具有差异性的DNA序列,即基因型在DNA水平上的表现形式,具有稳定性好、准确率高、快速方便等优点。分子指纹已经普遍应用于品种真实性和纯度鉴定、新品种保护和推广以及品种间亲缘关系鉴定等研究领域。近年来,一些叶色变异的茶树品种不断出现,例如“白叶茶”、“黄金茶”、“紫娟”等,但是由特色品种做成的商品茶往往会被其它类似的品种所替代,特别是不同品种做成干茶后更难以分清,很难利用形态差异去区别茶树品种。因此,需要从DNA分子水平上将不同品种区分开,有必要进行gSSR分子指纹开发。本研究采用SSR分子标记技术,以“舒茶早”品种全基因组为参考序列进行gSSR引物设计,经过gSSR位点多态性筛选,确定5对核心引物构建80个茶树品种DNA分子指纹图谱,并建立一套快速、准确的茶树优良品种鉴定技术体系,对优良品种权益保护和推广提供关键技术支持。本研究中gSSR分子标记筛选方法和主要结果如下:(1)有研究表明gSSR等位位点的多态性与重复单元长度呈反比,根据这一结论我们在“舒茶早”基因组序列中选择含有重复单元长度为2~5碱基的gSSR序列为参考,最终设计了415对gSSR引物。(2)用上述引物以“舒茶早”DNA为模板进行PCR扩增,其中306对引物有扩增产物。选取扩增条带单一清晰的PCR产物进行测序验证,若测序结果与参考序列一致,则其扩增引物为有效引物。经测序比对有181对引物通过验证,合格率为43.6%。用初步筛选出的181对引物对6个茶树品种进行gSSR多态性分析,聚丙烯酰氨凝胶电泳检测出其中131对引物的扩增产物具有多态性。(3)复筛出的131对引物对80个茶树品种进行核心引物的确定,对这131对引物等位位点及多态性信息进行统计,筛选出36对扩增条带较为清晰易判读且扩增产物具有较高多态性的引物,共获得535个等位位点,平均每个位点能够检测到14.9个等位位点,平均gSSR位点多态性(PIC值)为0.86。根据36个引物不同组合后指纹鉴定概率(PI和PIsibs值),选出5对引物作为构建80个茶树品种的分子指纹核心引物。(4)根据5对核心引物对80个茶树品种扩增电泳图谱信息,把每个品种的信息进行数字化处理,再通过软件转化成二维码形式,构建80个茶树品种分子指纹图库,然后将这一套分子指纹技术应用到“黄魁”和“舒茶早”商品茶的鉴别上,赋予这两个品种一个独特的指纹身份证,对茶树优良品种的保护和推广有着重要的意义。