“9·11”事件之后,巴基斯坦加入美国的反恐阵营,开启十多年的反恐合作进程。在双方的共同努力之下,美巴反恐合作取得诸多成就。但由于双方国家利益的分歧和信任的缺失,美巴在反恐合作中存在的诸多矛盾也逐渐暴露出来,从而影响美巴反恐合作的进程和美巴关系的发展。十多年来,美巴两国基于一定的利益基础之上结成反恐联盟,但是双方就反恐问题展开的博弈始终存在。双方出于成本和收益的考量,选择各自在反恐博弈的中行为,即积极反恐合作或是不积极的合作。就双方反恐合作中的成本而言,美国的成本主要是对巴基斯坦的经济和军事援助,而巴基斯坦则为反恐付出了沉重的代价,包括国内政局动荡,经济发展低迷,安全局势恶化,社会发展迟滞以及外交处境被动等。就反恐合作收益而言,双方所获收益都是综合性的：美国在南亚地区一定程度上实现了其反恐目标,拓展了其地缘政治影响,有助于美国牵制中国和俄罗斯,威慑伊朗,制约印度和巴基斯坦,并获取中亚地区的资源。巴基斯坦的收益则主要体现在战略地位的上升、大量经济和军事援助的获得。美巴之间的共同利益和矛盾分歧左右着双方在反恐互动中的博弈。双方的共同利益表现在打击基地组织和塔利班势力,稳定阿富汗局势,维护南亚地区安全,促进巴社会经济发展,确保其不成为所谓“失败国家”。但双方在反恐利益诉求和战略目标、反恐对象、反恐政策与反恐行动等方面都存在分歧；在对阿富汗政策以及印度在阿富汗问题的作用上,双方的态度也不一致。美巴反恐合作的出发点不同,反恐与反美又存在着结构性悖论,这使双方的反恐合作受到严重影响。从反恐互动中双方博弈的结果来看,美巴无法同时获得最大净收益,双方都有占优战略。但如果双方都企图利用对方,那只能得到最坏的结果,不符合双方的利益。就未来反恐合作进程而言,美国占据主动地位,美巴反恐合作的走向与美国政策的调整以及巴基斯坦政策的回应密不可分。目前看,随着美巴关系的改善,双方的反恐政策均有所调整,但历史和现实等各种错综复杂的因素仍使未来美巴反恐合作走向存在着较大的不确定性。