传统中医药是中华民族灿烂文化中的瑰宝,是中医学家们经过几千年的临床用药实践、理论和经验凝结的精华。复方用药是其最大的特点,即基于中医基础理论的指导,将不同药性的草药配伍形成多草药组合的中药复方。然而,由于传统研究方法不足,从分子层面理解中医药复方配伍机制仍然存在困难。因此,在本研究中,我们建立了一套系统药理学分析方法,该方法综合了中药成分的ADME筛选、作用靶标预测、疾病分析和网络分析,用于揭示中药活性成分组以及研究其作用机理。主要结果如下:(1)选取了经典复方小柴胡汤和大柴胡汤来探讨中医药“加味减味”机理,大小柴胡汤分子数据库构建共收集了1342个化合物分子,通过ADME筛选之后获得65个潜在活性化合物。(2)药物-靶标网络分析发现小柴胡汤和大柴胡汤的“加味药”都有其特异性作用靶标,小柴胡汤的特异性靶点包括HTR3A、IDO、IL1B、OPRD1、OPRM1、PDE3A、PDE4和SLC5A2,大柴胡汤中特异性靶标为14个,包括ADRA1A、ADRA2A、ADRA2B、ADRA2C、ADRB1、LOX15、ALOX5、CCR4、eNOS、HMOX1、LGALS3、MGAM、PYGM和TNF。(3)靶标-疾病网络分析发现小柴胡汤和大柴胡汤共有的中药所作用的靶点与机体主要疾病和功能紊乱相关;“加味药”中的成分起到辅助作用,通过与基础复方共同作用于相关靶标来达到整体治疗的作用。(4)选用了治疗心脑血管疾病的名方郁金方来阐述中医药“君臣佐使”配伍机制,郁金方中共收集了454个化合物,通过ADME筛选获得58个潜在活性分子。(5)分析郁金方的分子靶标网络得出“君”药郁金在活性成分和作用靶点上所占比例最大,并通过作用于心脑血管疾病主要靶点来治疗疾病;“臣”药栀子所含活性成分和作用靶标都少于郁金,与“君”药郁金拥有最多的共同靶标(15个),能够增强郁金的药理作用;“佐、使”药则通过减少郁金和栀子的毒性和引导药物到达靶器官实现其辅助作用。本文中提出的系统药理学方法为理解中医药配伍机制以及基础理论提供了新的策略,并为中药个体化治疗和复方优化提供了新的研究思路。