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目的:基因扩增是细胞内基因拷贝数大量增加的异常现象,双微体(DMs)是基因扩增的主要载体之一,DMs与肿瘤细胞的恶性程度、转移、预后和耐药性等有重要关系。对于DMs上扩增基因的鉴定有助于揭示新的与肿瘤发生和发展相关的基因,得到有临床价值的分子探针,为新的治疗方式提供有价值的信息,有助于提供肿瘤细胞治疗的靶点,对于其扩增子及其边界的研究可以提示DMs的产生机制,并可以揭示其中扩增子复杂的重组方式。无法分离得到完整的DMs是导致目前无法阐明其序列、来源和产生机制的主要原因之一。因此,本研究的的目的是探讨人原发性神经外胚层瘤SK-PN-DW细胞中扩增子的大小,位置及边界,并对其上的基因扩增情况进行检测。同时,应用双向脉冲场凝胶电泳对SK-PN-DW细胞的DMs DNA进行分离,并对其大小和特异性进行确认,进而获得纯度较高可应用于后续研究的DMs,为SK-PN-DW细胞中双微体的进一步研究奠定基础。
方法:利用SNP6.0芯片对含有DMs的SK-PN-DW细胞的基因组拷贝数进行分析,从而确定扩增子的染色体来源及大小,应用半定量PCR步移法对其边界进行初步的确定,并应用半定量PCR法对扩增子上的基因扩增情况进行检测。双向脉冲场凝胶电泳对SK-PN-DW细胞DMs DNA进行分离,并利用半定量PCR、Southern杂交和荧光原位杂交对其大小以及特异性进行确认。
结果:对SNP6.0芯片结果分析得到了来源于8号染色体的三段大小约为550kb、950kb、290kb的扩增子片段,并且将其边界范围分别缩小到825bp、1970bp、2222bp、92338bp、3825bp和1522bp,半定量PCR结果发现SK-PN-DW细胞中的MYC基因和PVT1基因都存在高扩增现象。Southern杂交结果显示SK-PN-DW细胞中的DMs大小约为1-3Mb,半定量PCR及荧光原位杂交提示脉冲场凝胶电泳分离所得的DMs DNA特异性较好,纯度较高。
结论:人原发性神经外胚层瘤SK-PN-DW细胞扩增子为chr8:24.21位置上的三段扩增序列,大小分别约为550kb、950kb、290kb。此细胞系中检测到MYC基因和PVT1基因的高扩增,且MYC基因位于DMs上。并且脉冲凝胶电泳方法可用来分离DMs DNA且纯度较好。