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植物内生真菌生存环境特殊，这些特殊生境迫使其形成了特殊的代谢系统和适应机制，是结构新颖活性物质的重要来源。本文从药用植物水翁(Cleistocalyx operculatus)和孑遗植物落羽杉(Taxodium distichum)分离获得了56株内生真菌，并分别采用化学筛选和活性筛选确定了水翁来源的刺盘孢菌Colletotrichum sp.SC1355和落羽杉来源的茎点霉Phoma sp.SC1320作为本论文的研究对象。 对刺盘孢菌Colletotrichum sp.SC1355大米发酵物运用萃取，薄层色谱，正相、反相硅胶柱色谱，Sephadex LH-20凝胶柱色谱，反相高压液相色谱等手段进行化学分离纯化，继而，利用理化性质和波谱学方法(UV，MS，NMR，CD)鉴定了21个化合物，包括12个吲哚生物碱类化合物(1-12)、5个聚酮类化合物(13-16)、1个萜类化合物(17)、3个其他类化合物(18-20)。其中9个新化合物，分别命名为colletodimodole A-F(1-6),colletotide A,B(13a/b),colletonorterpenoid(17)。通过ECD和13C NMR量子化学计算确定了新化合物1-5的立体构型。 从茎点霉Phoma sp.SC1320大米发酵物的乙酸乙酯部分离、鉴定了9个已知化合物(21-29)，其中碳代糖类化合物epoxydon(21)为主要化学成分，对金黄色葡萄球菌、MRSA和大肠杆菌有显著的抑菌活性。 采用Ellman改良方法对二聚吲哚生物碱类化合物1-3进行了乙酰胆碱酯酶抑制活性评价，结果表明，新化合物1-3没有表现出明显抑制活性。采用MTT染色法对化合物1-4进行A549、MCF-7和HeLa细胞毒活性实验，尚未发现有细胞毒活性。采用Alamar Blue指示剂-微量稀释法对化合物12、15、16、18、21、22进行抗菌活性试验，确定了Phoma sp.SC1320的主要抗菌活性代谢产物为碳代糖类化合物epoxydon(21)。 综上，本文采用组合筛选的方法筛选56株植物内生真菌，并从其中2株潜力菌株的次生代谢产物中，分离鉴定了30个化合物，其中9个化合物为首次发现。本研究为先导药物的筛选提供了新的分子实体，同时丰富了植物内生真菌次生代谢物资源库。