高分辨率熔解曲线(HRM)技术在动物病毒基因分型中的研究及应用

被引量 : 0次 | 上传用户:confusion00
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
高分辨率熔解曲线(High resolution melting, HRM)分析技术作为一种新的分子诊断方法在人医医学领域应用较广泛,而在兽医分子诊断领域,尤其在动物病毒基因分型与检测方面国内外研究较少。因此,本研究目的是比较HRM不同分析方法在动物病毒基因分型中的特点,建立常见重要动物疫病快速诊断PCR-HRM方法,为该项技术在兽医临床上的应用提供参考依据。本研究选取三种DNA病毒如,犬细小病毒(Canine Parvovirus, CPV)、番鸭(Muscovy Duck Parvovirus, MDPV)和鹅细小病毒(Goose Parvovirus, GPV);两种RNA病毒,猪瘟病毒(Classical Swine Fever Virus, CSFV)和猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus, PRRSV)和一种逆转录病毒,禽白血病病毒(Avian Leukosis Virus, ALV)作为研究对象,并针对各类型病毒特点采取不同的HRM分析方法。为了区分CPV-2不同基因型,在CPVVP2基因426氨基酸位点和第87氨基酸位点分别设计引物CPV-426F/R和引物CPV-87F/R,建立了区分CPV-2不同基因型的PCR-HRM分析方法,并从30份临床样品中成功检测出19份CPV-2a(GCP>98%)、8份CPV-2b(GCP>90%)、2份CPV-2c (GCP>98%)样品和1份混合感染样品(CPV-2a/2b);根据MDPV和GPVVP3基因序列差异设计出一对简并引物MGV-P1/P2,建立了区分MDPV和GPV的PCR-HRM分析方法。从12份临床样品中检测出2份MDPV阳性样品(GCP>95%)、2份GPV阳性样品(GCP>95%)、1份VP3基因重组样品和7份MDPV/GPV混合感染样品;根据猪瘟野毒株与疫苗毒株3’UTR区12个碱基的差异,设计出一对特异性引物CSFV-F3/F4进行PCR-HRM分析。临床样品检测结果表明12份临床样品均为CSFV野毒株,未检测到疫苗毒株,并建立了以CSFV野毒株临床样品GCP-3SD值(45-100%)作为区分CSFV野毒株和疫苗毒株判别标准的PCR-HRM分析方法;利用PRRSVNsp3序列差异建立了区分H-PRRSV和C-PRRSV的UP-HRM方法。从21份临床样品中共检测出4份C-PRRSV阳性样品(探针峰Tm为65.1±0.28℃),17份H-PRRSV阳性样品(探针峰Tm为75.3±0.37℃)。并根据JXA1-R疫苗毒株特异SNP位点,从17份H-PRRSV阳性样品中鉴定出3份疑似JXA1-R疫苗毒株样品;根据禽白血病病毒GP85基因序列筛选出一对ALV-J亚型特异引物H5/H7b和一对ALV-A/B/C/D//E/K亚型通用引物Gp85U3/Gp85L3,利用片段扩增方法建立了区分禽白血病病毒不同亚型PCR-HRM方法,并从476临床样品中鉴定出82份ALV-K亚型和15份ALV-J亚型样品。由于ALV-E亚型(ev位点)病毒在长期进化过程中已整合进鸡的基因组,ALV-E亚型(ev位点)具有独有的熔解曲线特点,容易从其它外源型ALV病毒中区分出来。因此,该方法可用于禽白血病净化工作中。本研究建立了六种常见动物病毒PCR-HRM检测方法,并系统比较了PCR-HRM不同分析方法在动物病毒基因分型中的异同,为动物传染病分子诊断提供一种快速、简单、成本低廉的PCR-HRM检测方法。
其他文献
自Karl Slotta等1926年首次合成5,5-二甲基乙内酰脲(DMH,简称二甲基海因)以来,因其杀菌作用强,已广泛应用于日用化工、农业、畜牧业、水产业、医药卫生消毒、饮食、饮用水、
伴随着我国近年来频现的雾霾天气,空气质量愈来愈多得到公众的关注。2012年出台的空气质量新标准,用空气质量指数(AQI)替代了原有的空气污染指数(API)对空气质量状况进行了定
随着社会的发展,织物在人们的日常生活中扮演的角色越来越重要,织物的作用也不只是局限在遮羞保暖,许多功能奇特的织物随之出现。如防水透湿织物,可以改善织物舒适性;阻燃织物
通过选取某特大型锑矿区废石开展了浸泡试验和淋滤试验,研究了不同环境因素(pH值、溶解氧、降雨强度)对废石中锑释放量的影响,对锑的溶解释放机理进行了探讨。研究结果表明:①偏
确定甘草制雷公藤的"量-毒-效"关系,探索甘草制雷公藤的安全有效的"治疗窗",为甘草制雷公藤临床合理用药提供可靠依据。建立变应性接触性皮炎(allergic contact dermatitis,A
目的观察二溴海因亚急性毒性,以了解其反复使用的安全性。方法采用动物试验法进行了实验室研究。结果二溴海因最高染毒量为1000 mg/kg(体重),各试验组动物在染毒期内未见明显中
用蒸馏水、硼酸.硼砂缓冲液、碳酸钠、尿素及丁二酸对家蚕茧丝进行了脱胶处理,并采用单纤强力仪对这五种脱胶蚕丝进行了力学行为的测试,获得了负载.位移曲线,结果表明不同脱胶方法
目的:观察隔山消水提取物处理早期人工龋后的表面形态。方法:采用化学方法建立牙齿龋病模型,分别经五倍子和隔山消处理后,利用扫描电镜观察二者对牛牙釉质龋再矿化的影响。结
随着煤炭、石油等不可再生资源的日益枯竭以及全球气候环境的不断恶化,在世界范围内,优先发展、大力发展可再生能源的能源革命正在进行中,风能、太阳能等可再生能源已逐步成
新世纪以来,我国桉树胶合板产业迅速发展,为人造板行业注入了新的活力。然而,我国桉树胶合板企业生产水平较低,产品附加值不高。因此,研究与开发阻燃桉树胶合板是增加桉树木材附加