为调查四川省瓦屋山省级自然保护区和喇叭河省级自然保护区内的两栖爬行类物种的多样性,并进一步验证DNA条形码技术的可靠性以及COI基因序列作为标记基因的可行性。本文对这两个保护区内的两栖类和爬行类物种进行了采样,共采集到239个样本,使用传统的形态学方法和DNA条形码技术对采集到的样本做出鉴定。以两栖类DNA条形码CO1序列通用引物扩增样本的COI序列作为标记基因,同时使用通用引物扩增样本的16S rRNA和Cyt b序列作为补充序列。研究结果如下：喇叭河自然保护区共鉴定物种12种,其中两栖纲2目5科7种,爬行纲2目3科5种；瓦屋山自然保护区共鉴定物种26种,其中两栖纲2目6科18种,爬行纲1目2科8种。在所有被鉴定的物种中,除了一个齿蟾属物种的3个样本无法做出准确鉴定以及一个铜蜒蜥物种的样本存在隐存种的可能性需要进一步研究以外,其余物种均做出准确鉴定。本文将测得的序列上传至GenBank中,如大齿蟾、经甫树蛙和瓦屋山腹链蛇等11个物种的COI序列都是第一次被测得,这些序列的上传能够为以后的DNA条形码研究提供数据。本文研究表明,Che等发表的两栖类DNA条形码通用引物很好的解决了两栖类中存在的引物通用性问题,并且相比较于16SrRNA基因,COI基因在两栖爬行类DNA条形码鉴定中是更适合的标记基因,这和先前的研究结果是一致的,但本文同时也发现,在目前阶段,GenBank数据库中COI序列的数据还远未完善以及数据库中有更多的16S序列,补充测定16S, Cvt b等序列能够更好、更准确的对物种做出鉴定。最后本文认为,DNA条形码技术具有良好的前景以及巨大的潜力,能够很好的应用于保护区物种多样性的调查,但是在目前阶段,因为数据库还不够完善,仍然还不能脱离形态学鉴定方法,只有当数据库完善且准确的时候,DNA条形码技术才能发挥其应有的作用。