企业自主创新运行机制是自主创新机制中最为复杂的机制,它涵盖了企业从投入到产出的整个过程,对推动企业自主创新进程有着至关重要的作用。论文对企业自主创新的运行机制进行研究,分析影响企业自主创新运行的要素,基于解释结构模型得出企业自主创新结构模型,使企业的自主创新活动从投入到产出有效运行,对促进企业增强自主创新能力具有重要意义。论文在企业自主创新以及运行机制相关理论研究的基础上,首先分析了企业自主创新运行机制的内涵；其次,从自主创新运行环节角度分析了影响企业自主创新运行的要素,并运用ISM法建立了企业自主创新运行机制结构模型,得出影响企业自主创新运行要素的相互关系以及其层级划分；再次,基于模型对企业自主创新运行机制体系进行深入分析,将企业自主创新运行机制划分成五个子机制,即动力机制、投入机制、决策机制、研发与实现机制以及保障机制,为企业自主创新顺利运行提供依据；最后,以DZ公司为案例,分析其自主创新运行机制,并提出了保障DZ公司自主创新运行的有效措施,为DZ公司自主创新有效运行提供理论依据。