沙田柚原产于广西容县沙田村,至今已有200多年的栽培历史。目前,全国沙田柚种植面积约占柚类总面积的一半以上。沙田柚为单胚性植物,在引种栽培过程中,由于实生变异和受自然环境的影响,出现了变异品系和变异单株。沙田柚变异类型的遗传多样性研究是评价和利用沙田柚种质资源的基础,对优良基因筛选和新品培育等方面具有重要意义。本研究以30个沙田柚种质为材料,应用SRAP分子标记技术从总基因组水平上,cpSSR分子标记技术从叶绿体基因组水平上和核型分析从染色体的形态水平进行遗传多样性分析。利用SRAP分子标记对核基因组进行遗传多样性研究中,共筛选得到63对多态性引物,各对引物扩增稳定的条带数为2-9条,总扩增带数为252条,平均每对引物扩增带数为4条；其中,多态性条带数为129条,平均每对引物扩增获得2条多态性条带,各对引物多态性条带比率为25%-100%,平均每对引物获得的多态性条带比率为50.33%。利用63对多态性引物对30个沙田柚种质进行遗传多样性研究,结果表明：30个沙田柚种质遗传相似系数在0.6-1之间,在相似系数为0.6时,夏河龙沙田柚与其他29个种质分开,独居1类；在相似系数为0.93时,30个沙田柚种质,被划分为11个组群,其中,第Ⅰ个组群包含了10个广西地方沙田柚种质、3个广西地方疑似变异单株、四川合江柚、重庆冬瓜圈和江津古老钱,第Ⅱ个组群包含长寿2号、菊花心等5个重庆地方品种,其他9个组群分别只包含1个沙田柚种质。利用cpSSR分子标记对叶绿体基因组进行遗传多样性研究中,在54对cpSSR引物中,能扩增出稳定条带的有24对,但这24对引物在30个沙田柚种质中未扩增出差异性条带。叶绿体基因组序列相对保守,30个沙田柚种质的叶绿体基因组在24个基因位点未检测到差异条带,原因可能为：1、30个沙田柚种质的胞质为同一单倍型；2、本研究中检测位点有限,未能检测到变异位点等。在核型分析研究中,30个沙田柚种质染色体都由中部着丝点染色体与近中部着丝点染色体组成,中部着丝点染色体数目和近中部着丝点染色体数目相差不大；种质间核型不对称系数相差不大,范围在58.34%-65.44%间,平均为62.06%；核型类别大多数属于1A和2A,也有部分为1B和2B,各种质染色体相对长度组成在4个等级中基本都有分布：30个沙田柚种质平均臂比范围在1.39-1.92间,平均为1.67,染色体长度比范围在1.53-2.88间,平均为1.87；二维进化趋势分析显示,进化程度较高的是江津古老钱和太极图柚,进化程度较低的是早熟柚和古老钱。30个沙田柚种质核型分析聚类结果表明：30个沙田柚种质的聚类距离在0-1.7之间,当阀值取0.55时,可以把30个沙田柚种质分成8类,第1Ⅱ类和第Ⅳ类所包含的种质数目最多,其它类群种质数目较少,聚类距离最小的是种质早熟沙田柚和夏河龙,种岭南沙田柚和北碚柚,容县小果型变异和恭城狮子沙田柚之间,它们间的距离只有0.1：聚类距离最大的是容县本地沙田柚2与兴坪沙田柚2、容县本地沙田柚1之间,它们间的距离为1.7。当阀值取1.67时,可以把30个沙田柚种质分成2类,容县本地沙田柚2单独分成一类,说明容县本地沙田柚2可能发生了比较明显的染色体变异。SRAP分子标记和核型分析遗传多样性分析结果表明：30个沙田柚种质间的遗传距离比较小,两种分析方法可以一定程度的相互应证,但也存在不一致性。总体上,广西本地沙田柚种质间遗传距离较近。