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目的:探讨肺泡灌洗液中二代测序(Next-generation sequencing NGS)在合并有基础疾病、存在免疫抑制及发展为重症肺炎的肺部感染患者中的微生物分布、病原学诊断及对临床诊疗策略的影响等方面的应用价值。方法:回顾性分析2018年8月-2019年12月湖南省人民医院呼吸与危重症医学科临床诊断为肺部感染,并完善了支气管镜和NGS检查的116例患者的临床资料,根据入选标准与排除标本纳入合并基础疾病的患者63例,合并免疫抑制状态的患者13例,发展为重症肺炎的患者28例,结合临床资料对其肺泡灌洗液NGS结果进行分析。结果:在三种不同特征的肺部感染患者的微生物分布中,细菌分布无明显差异,均以链球菌属、韦荣球菌属为主;真菌分布中念珠菌属在三者中都占据主要地位,但在合并免疫抑制患者中肺孢子菌属最常致病;在三种不同特征的肺部感染患者中EB病毒检出率均为最高,但在重症肺炎患者中腺病毒的致病率最高。相较于传统实验室培养,NGS在三种不同特征肺部感染的病原体阳性率中均显示出优势:伴有基础疾病患者(66.67%vs19.05%,p<0.001)),合并免疫抑制患者(69.23%vs 15.38%,P=0.015),发展为重症肺炎的患者(78.57%vs 32.14%,P=0.001),三者均有统计学意义,但对于三种不同特征的肺部感染患者中NGS阳性率之间的差异无统计学意义(66.67%vs69.23%vs78.57%P=0.517)。另外,本研究发现NGS结果在合并基础疾病及发展为重症肺炎的肺部感染患者中对临床治疗策略具有重要的指导意义(38.10%、53.57%),相比之下,在合并免疫抑制的肺部感染患者中仅23.08%的患者导致了治疗策略的改变,三者在导致临床治疗策略改变之间的差异有统计学意义(38.10%vs 53.57%vs23.08%,P=0.001)结论:1.在三种不同特征的肺部感染患者的微生物分布中,细菌分布无明显差异,均以链球菌属、韦荣球菌属为主;真菌中都显示念珠菌属占据重要地位,但合并免疫抑制患者中肺孢子菌属最常致病;在三者中EB病毒检出率均为最高,但在重症肺炎中腺病毒致病率最高。2.NGS在三种不同特征的肺部感染患者中均具有优于传统实验室培养的病原学诊断意义,尤其在合并基础疾病及重症肺炎患者中。3.相比于合并免疫抑制,NGS结果对于合并基础疾病及发展为重症肺炎的肺部感染患者的治疗策略更具有指导意义。