CCCTC-binding factor (CTCF)是一个广‘泛表达并具有11个锌指(ZF)结构的核蛋白,CTCF最初是作为接合于鸟类和哺乳类MYC基因启动子上的转录因子被发现的。CTCF作为真核生物中非常重要的转录因子参与多方面的基因调节,包括基因激活、抑制、沉默、绝缘。同样它还参与调节印迹基因的表达和X-染色体失活作用。近来研究发现CTCF在介导远距离染色质之间以及染色质内部相互作用中起到了非常重要的作用,这些研究还进一步说明CTCF是一个非常重要的染色质绝缘子蛋白,它可能在介导远距离染色质之间相互作用中起到一个中枢的作用。由于RNAi具有基因敲除的功能,借助RNAi机制,研究人员得以迅速简便地降低细胞中某个特定基因的表达,实现类似“基因敲除”的效果,从而分析目标基因的表达改变对细胞产生的影响,来进一步研究目标基因的未知功能。本课题采用RNA干扰的方法对细胞中CTCF基因进行沉默,通过建立CTCF基因沉默的细胞系为以后比较CTCF在沉默之前和沉默之后对由CTCF介导的染色质之间的相互作用关系的研究奠定了一个坚实的基础。其技术路线为首先选择CTCF基因mRNA不同的4个靶位点设计不同的敲除载体(pSilencer1～4),然后通过转染、抗生素加压筛选的方法获得稳定转染敲除载体的4株细胞系,最后利用蛋白免疫印迹和荧光定量PCR的方法来检测稳定转染敲除载体的细胞和野生型细胞之间CTCF的蛋白表达水平和mRNA表达水平。从而分析RNA干扰对CTCF的敲除效率。同时本课题还成功构建了一个CTCF拯救载体这为以后的CTCF拯救实验打下了基础。结果稳定转染敲除载体的细胞与野生型的细胞相比细胞内CTCF的蛋白水平和mRNA水平都在下调,但是发现CTCF并没有完全被沉默。还发现mRNA靶位点跨内含子的敲除效率明显高于靶位点位于外显子内部的敲除效率,其中靶位点在外显子内部越是靠近5’端敲除效率越明显。