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肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）是世界范围内的恶性肿瘤之一，有较高的发病率和死亡率。乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）和丙型肝炎病毒（hepatitis C virus，HCV）的慢性感染是人HCC发生的最重要的危险因素。特别在中国，绝大多数HCC患者是HBV感染阳性。考虑到现在对HCC仍缺乏有效的诊治手段，对HBV感染HCC的重要癌变相关分子进行发掘仍然很迫切并且必要。 蛋白质组学作为全面分析蛋白质表达变化的有力研究工具，已广泛应用到疾病特别是肿瘤研究之中。在人类疾病蛋白质组学研究中，人体样本是最有价值和说服力的实验材料。样本收集是重要的基础工作，需要对样本的入组选择、采集方法、处理步骤、贮存条件以及信息登记等做详细的规范，以期建立适用于蛋白质组学、代谢组学以及转录组学研究的样本库。在此基础上，我们对HCC及其健康对照、乙型肝炎、肝硬化病人的各类临床样本进行了收集，包括血浆、血细胞、血清、尿液和组织。 定量分析是蛋白质组学研究的重要组成部分，对方法学有较高的要求，需要对生物样品之间的蛋白质差异表达值提供准确和重复性好的分析。DIGE是定量蛋白质组学方面的一个进步，与传统2DE相比，DIGE可以提供更为准确的定性和定量分析。我们首先对DIGE实验进行了3方面的评价：2DE重复性评价、标记实验和标记评价，都获得了较好的标记和定量效果。然后利用DIGE技术分析了12例HBV感染HCC病人肿瘤组织和临近非肿瘤肝组织的蛋白质表达差异。在得到的2338个匹配点中，有61个点在肿瘤样品中显著上调(ratiotumor／nontumor≥2，p≤0.01)，158个点显著下调(rationontumor／tumor≥2，p≤0.01)。经MALDI-TOF-TOF分析，在61个上调点中32个点得到鉴定，对应于23种基因表达产物；158个下调点中，有77个点鉴定为50种基因表达产物。根据Swiss-Prot库的注释信息对鉴定的蛋白质进行了功能和细胞定位分析。对部分差异表达蛋白质进行了Western blot验证，与DIGE结果有较好一致性。应激诱导蛋白／分子伴侣和与细胞增殖相关的蛋白在HCC肿瘤组织中上调，与氨基酸代谢、脂类代谢和生物转化相关的蛋白质下调表达。发现热休克蛋白70和90家族的几种成员以及HOP蛋白在HCC肿瘤组织中同时高表达，推测它们可能通过相互作用共同在