目前统筹城乡发展，解决“三农问题”已成了我国政府当前面临的一项巨大挑战和时代课题。三农问题的核心是农民问题，农民问题的核心是农民权益问题，“三农”问题之所以解决不了，一个关键的原因就是农民的权益仍然没有得到充分的保障。而当前农民权益的核心问题又是农民土地权益问题，在土地征用过程中侵犯农民权益的案例在全国不断发生，因此，本文在此背景之下，通过分析现今我国土地征用中农民合法权益的缺失表现，主要表现在经济、政治、社会权益三个方面，以及对此的直接、深层次的双重原因分析，认为原因主要包括理论概念、法律制度、政府角色等原因。最后，借鉴国外的先进经验，在我国国情的基础上，从理论、体制、政府三个层面提出了构建我国土地征用农民合法权益保障机制的建议，切实维护被征地农民合法权益，最终达到促进社会经济的持续、健康、稳定发展的目的。