采用AFLP和SRAP等两种分子标记研究了4个香菇菌株和4个侧耳属菌株(其中2个属于平菇,1个属于白灵菇,另1个属于榆黄蘑)的遗传差异。结果表明,就AFLP标记而言,四个香菇菌株间、两个平菇菌株间、三个侧耳属不同种之间以及香菇属与侧耳属间的遗传相似系数分别为0.74～0.89、0.89、0.47～0.89和0.44,而SRAP标记所揭示的香菇菌株间、平菇菌株间、侧耳属三个不同种之间以及香菇属与侧耳属间的遗传相似系数分别为0.70～0.93、0.93、0.47～0.93和0.53。据此可以初步认为,同一种食用菌不同菌株间的遗传相似系数约在0.70以上,侧耳属平菇、白灵菇、榆黄蘑等三个种的遗传相似系数约在0.5～0.7之间,而香菇属与侧耳属两属间的遗传相似系数一般不高于0.5。两种分子标记分析的结果还表明两个平菇菌株的全同胞个体和半同胞个体表现出“物以类聚”,即全同胞个体和半同胞个体分别优先聚为一类的趋向,而且半同胞菌株的遗传相似系数要小于全同胞菌株。同时,半同胞菌株的体细胞不亲和反应的强度要大于全同胞菌株,与分子标记分析的结果相吻合。两个香菇菌株的全同胞和半同胞菌株的聚类分析结果表明,在采用SRAP标记时,供试菌株表现出比较明显的全同胞和半同胞各自优先聚为一类的趋向,相比之下,在采用AFLP标记时,聚类的这种趋向性要弱一些,不过,在将两种标记的分析结果综合加以考虑时,分属两个类群的菌株大多仍能清楚地区分开来。综上所述,应用这两种分子标记鉴别香菇和侧耳属菌株是可行的,而且随着菌株间遗传距离增大,其遗传相似系数相应降低。