基于polyA转录组测序和生信分析鉴定主动脉夹层的关键致病基因

来源 :南昌大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zkl_2009
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:基于poly A转录组测序技术对主动脉夹层基因的测序,利用生物信息学分析,找出其中与主动脉夹层(aortic dissection,AD)发生、发展相关的致病基因,从而为主动脉夹层继续深入研究提供不同的新目标和新思路,为临床上AD治疗及预后提供依据。方法:1、选取12例主动脉夹层患者的主动脉壁,以及4例主动脉瓣疾病患者的正常主动脉壁标本进行全转录组测序。2、使用K5500和Agilent 2200 Tape Station测序仪,选用PE150模式对上述标本进行测序。使用HISAT2对上述两组测得的reads进行标准化处理获得高质量数据,应用DESeq2筛选出差异表达基因。3、将上述基因在GO和KEGG数据库中进行GO和KEGG富集分析以及蛋白互作网络分析。结果:基于转录组测序得到102GB的数据,根据DEGs鉴定出595个上调基因和1072个下调基因。GO富集分析显示这些差异基因与激素水平的调节生物过程、含胶原蛋白的细胞外基质细胞组分、信号受体激活活性分子功能等呈正相关(P<0.05)。KEGG富集分析显示这些差异基因主要在PI3K-Akt信号、钙信号等通路显著富集。之后我们还构建了蛋白质相互作用网络(PPI),筛选出VEGFA,IL6,FN1,IGF1,CXCL8,HIF1A,KDR,SPP1,HGF,and CCL2等可能是AD的致病基因,而节点最高的枢纽基因是VEGFA,并发现其与细胞外基质密切相关。结论:我们基于poly A转录组测序和生物信息学分析对主动脉夹层进行了全面分析。研究结果表明,VEGFA,IL6,FN1,IGF1,CXCL8,HIF1A,KDR,SPP1,HGF和CCL2等可能是主动脉夹层的关键差异表达基因。
其他文献
学位
目的:目前尚缺乏诊断烟雾病的特异性生物标记物。研究表明,外周血小细胞外囊泡(s EV)内的微小核糖核酸(miRNAs)对多种疾病具有一定的诊断价值。本研究旨在对烟雾病患者外周血s EV内的miRNAs进行测序分析,从中筛选出烟雾病特异性miRNAs,并对目标miRNAs进行功能验证,以期探讨miRNAs在烟雾病发病机制中的潜在作用,并为烟雾病的诊断提供一种特异性靶标。方法:招募60例在2020年1
学位
学位
目的:对比颅内动脉瘤介入栓塞术与颅内动脉瘤夹闭术两种手术方式治疗颅内微小动脉瘤的疗效,从而为临床医师治疗颅内微小动脉瘤提供一定的指导及帮助。方法:对南昌大学二附属医院从2019年1月~2022年6月份收治的195例微小动脉瘤患者按照纳入排除标准进行筛选,其中74例患者符合要求。将74例患者分成30例(35个动脉瘤)夹闭手术和44例(44个动脉瘤)介入栓塞治疗两组,对比两组患者年龄、性别、Hunt-
学位
目的:比较颅内破裂动脉瘤不同手术时机支架辅助弹簧圈的疗效并分析影响预后的因素。方法:通过采集2021年1月1日至2022年06月30日之间,在南昌大学第二附属医院发病后72h内采用支架辅助弹簧圈栓塞治疗的颅内破裂动脉瘤患者的临床资料。所有满足标准的患者分为两组,24 h内治疗的患者为超早期组,24 h至72 h内治疗者为早期组。研究两组患者临床预后(采用改良Rankin量表(m RS)衡量)、围手
学位
背景:烟雾病(Moyamoya disease,MMD)是引起脑卒中重要的原因之一,其发病后可引起一系列卒中的临床症状。从单纯的头痛、头晕到意识改变甚至可直接导致患者的死亡。最新研究发现江西省为国内烟雾病发病率最高的省份,且省内烟雾病流行情况尚无系统研究。本研究目的在于收集江西省烟雾病患者的相关临床资料,整理并分析出其相应的时间、空间及人群分布,为深入探究江西省烟雾病的全省流行情况提供了研究方向,
学位
学位
学位
学位
<正>工业陶瓷领域国家级先进陶瓷专业科研院所、国家工业陶瓷工程技术研究中心批建单位、国际精细陶瓷技术委员会(ISO/TC 206)国内技术归口单位、全国工业陶瓷标准化技术委员会(SAC/TC 194)依托单位、国家建筑材料工业陶瓷产品质量监督检验测试中心挂靠单位、山东省先进陶瓷创新创业共同体的建设主体单位,拥有建筑材料行业高温陶瓷膜材料和山东省透波功能陶瓷材料两个行业和省部级重点实验室——这就是入
期刊