鸡IGF-Ⅰ基因PCR-SSCP分析及其与肉用性状关系的研究

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胰岛素样生长因子-I(IGF-1)是动物体内重要的调节因子之一,因此,研究鸡的IGF-1基因多态性与其重要经济性状间的关系,使得IGF-1基因越来越受到重视,并被作为一个重要的候选基因进行研究。目前,对IGF-1多态性的研究主要是采用PCR-RFLP技术,由于酶切技术可能会存在有些序列不能被限制性内切酶所识别,而导致其检测受到限制。相反,PCR-SSCP技术能够更加灵活的应用于SNPs的检测、筛选。本实验对新扬州鸡(130只)、雪山鸡(100只)和莱航鸡(47只)的IGF-1基因进行了PCR-SSCP多态性检测;并结合测序验证。对设计的引物进行了PCR扩增和电泳检测最优条件的探索,建立和完善了特定位点的PCR-SSCP检测方法。建立统计分析模型,应用GLM过程对新扬州鸡部分生长和屠宰性状进行分析。本论文得到的结论如下: 1.本实验确立了检测鸡胰岛素样生长因子I(IGF-I)基因5-UTR、Exon1和3-UTR的最佳PCR-SSCP方法。并在新扬州鸡、雪山鸡和莱航鸡共发现了四个多态位点;分别为:23F/R、26F/R、28F/R和29F/R。 2.对多态位点进行基因型频率和基因频率以及基因型分布分析,其结果:新扬州鸡23F/R等位基因A频率:0.8038,等位基因B频率:0.1962;28F/R等位基因A频率:0.3846,等位基因B频率:0.6154。雪山鸡等位基因频率为:26F/RA:0.8200,B:0.1800;28F/RA:0.3819,B:0.6181;经基因型分布卡方检验,发现新扬州鸡上的两个多态位点处于哈代-温伯格平衡(P=0.929、P=0.966),雪山鸡不处于哈代-温伯格平衡(P=0.002、P=0.112),并发现多态位点存在品种分布差异。 3.对存在多态的4个座位PCR扩增产物进行测序,测序结果显示在IGF-I存在插入突变G(23F/R)和同义替换C→G(28F/R);可能涉及T→C(26F/R)和C→A(29F/R)。 4.在早期体重方面,23F/R基因型中,二周龄体重BB型与AB型差异显著(P<0.05),但AA型与AB型和BB型均不显著(P>0.05);在十二周龄,BB型对AA型型在龙骨长上,接近差异显著水平(P=0.068)。而28F/R基因型中在十二周龄体重BB型与AA型接近差异显著水平,P=0.055。综合分析,两个突变位点基因型中,BB型和AB型对新扬州鸡的增重和龙骨、胫骨生长趋势优于AA型;但就影响效应分析,28F/R的影响较小;可将这两个突变位点作为选育参考。 5.结合屠宰测定指标进行最小二乘法比较分析,结果表明,23F/R基因型中新扬州鸡的胸肌重BB型对AB型和AA型都表现差异显著(P=0.004、P=0.030),胸肌率BB型与AA型出现差异显著(P=0.017)。两个突变位点(23F/R、28F/R)都存在BB型>AB型>AA型的趋势,个别指标达到显著差异。在肌肉品质指标分析中,23F/R对嫩度存在BB型显著优于AA型和AB型,28F/R仅在肌肉含水量BB型与AB型存在差异显著(P<0.05)。
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