DNA双链断裂修复基因BRCA1 3’UTR SNP影响结直肠癌易感的相关性研究

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目的:在我国近年来的结直肠癌(colorectal carcinoma,CRC)发病率及死亡率逐年升高,减少结直肠癌CRC发病率及病死率的有效手段是早发现并早治疗。寻找意义确切的与结直肠癌易感性相关的易感性生物学标志对其早期预防有着重要意义。结直肠癌的发生发展是遗传因素和环境因素两者共同作用的结果。CRC分子病因学揭示出这种恶性肿瘤是由遗传损伤积累而发生发展的。DNA损伤如果没有正确修复,进而累积可导致基因组不稳定、细胞衰老或凋亡,并最终可能使生物体易患包括恶性肿瘤在内的多种疾病。双链断裂(double-strand breaks,DSBs)是最为严重的DNA损伤类型之一,对其有效的修复是保持基因组稳定性的重要机制。采用生物信息学技术开展本次研究以DSBR(DNA双链断裂修复)修复系统如HR(同源重组)修复中的RAD51和BRCA1等以及NHEJ(非同源末端链接)修复中的XRCC4、XRCC5等择取为靶目标基因,又以本次研究选取的CRC病例数以及MAF值(最小等位基因频率)选择靶目标基因3’UTR区位置的SNP。并依据结直肠癌病例-对照研究求证已选的SNP和CRC发病风险的联系,选用生物信息学技术方法对SNP位点影响CRC发生的可能机制开展研究。本研究可为早期诊断检测CRC探寻到意义确切的易感性生物学标志,并为其以后的精确治疗提供新的理论依据。研究方法:1、在GeneCards网站直接搜寻同源重组和非同源末端连接,从中选择与这两种途径中发挥作用的DNA修复基因。依据MAF值在UCSC基因组网站搜寻选取已选定基因的3’UTR区SNP。2、Taqman水解探针法检测202例CRC病例以及202例健康对照的靶基因候选SNP位点基因型并分析这些SNP的基因多态性与CRC患病风险间的关联。3、为找寻能与所筛得的3’UTR区SNP结合的miRNA我们选用了Targetscan、PolymiRTs等网站,在GTEx数据库查询这些miRNA,找出表达量与所选SNP基因型相关的miRNA。使用GTEx数据库选定表达量与所选SNP基因型相关的lncRNA,使用LncBase预测当前所选miRNA与lncRNA的结合能力,筛选出miRNA-lncRNA结合对。对选定的lncRNA–miRNA–mRNA网络中的lncRNA、mRNA的表达量测定,分析该ceRNA网络与SNP位点基因型相结合预测CRC发病风险的意义。结果:1、BRCA1、RAD51、XRCC5等双链断裂修复系统中发挥重要作用的关键基因均由生物信息学方法搜索找到。2、病例对照分析显示BRCA1rs12516位点的基因多态性与CRC易感性有关,其AA基因型携带者比GG基因型携带者患CRC的风险高(OR=2.716,95%CI:1.091~6.171);分层分析显示AA基因型男性携带者比GG基因型男性携带者患CRC的风险高(OR=3.089,95%CI:1.315~7.255);在年龄大于50岁的人群中,BRCA1 rs12516的AA基因型携带者比GG基因型携带者患CRC的风险高(OR=3.318,95%CI:1.571~7.006)。3、生物信息学预测BRCA1rs12516位点的AA基因型可促进miR-4278结合。且GTEx数据库显示AA基因型结直肠组织的miR-4278表达相对GG基因型高,而能与其结合的lncRNA-linc00910的表达则与其相反,差异均有统计学意义。实时定量荧光PCR结果显示,BRCA1rs12516SNP位点的AA基因型CRC组织的linc00910及BRCA1表达较GG基因型均有所下降。结合以上结果显示BRCA1rs12516SNP位点为AA基因型时创造miR-4278结合位点进而使其结合BRCA1,BRCA1表达下降,而linc00910表达量低竞争性结合miR-4278能力减弱,间接造成miR-4278表达升高,进一步促进miR-4278与BRCA1的结合。结论:本研究发现BRCA1rs12516SNP位点的AA基因型,可增加结直肠癌CRC的发病风险。其可能通过影响linc00910-miR-4278-BRCA1 ceRNA网络改变BRCA1功能,进而影响CRC发病风险。
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