蛋白质组学是当今生命科学研究的重要工具之一。本论文综合运用稳定同位素标记和亚细胞结构分离等生化技术并结合基于新一代质谱的高通量蛋白质分析技术,对EV71和HBV这两种重要病毒感染所引起的宿主细胞蛋白变化进行了系统研究。EV71病毒能引起婴幼儿严重的中枢神经系统疾病,是我国乃至亚太地区公共健康安全的重大隐患之一。目前关于EV71病毒与宿主的相互作用组学研究报道较少,制约了我们对于病毒的了解。因此在本论文的第二章,我们系统地研究了病毒感染不同阶段的宿主细胞蛋白质组的动态变化。我们将不同的同位素标记的SILAC培养的细胞经过EV71感染,在8小时与20小时后提取宿主蛋白质,利用高分辨液质联用技术定量分析到了4114个宿主蛋白的感染前后的动态变化情况,发现其中有约17%的蛋白在不同的时间点发生了显著变化。通过对这些发生显著变化的蛋白进行分析,我们找到了受EV71感染后宿主细胞蛋白的一些变化规律,包括发现5个生物学进程和7个蛋白家族在感染后发生了显著的变化,尤其是histone蛋白家族在感染后持续下降。线粒体蛋白中有很多发生了明显的上下调,但是绝大部分只在某一个感染时间点发生变化。分层聚类分析结果也证实了这一点。此外,一些与病毒感染相关的蛋白家族,例如泛素化和SUMO化相关蛋白、膜泡运输蛋白和肿瘤坏死因子等蛋白,也发生了明显变化。通过进一步蛋白功能验证和筛选,我们发现宿主线粒体蛋白CHCH2对EV71的复制可能具有重要的影响,而这种影响可能是通过负调控宿主天然免疫信号通路来实现的。我国有超过9300万的乙肝患者,对于HBV病毒的研究有着重要的现实意义。在本论文的第三章中,我们采用一种源自Huh7细胞的HBV稳定表达细胞系Huh7.37,系统地研究了全细胞和亚细胞结构中蛋白质的表达变化。我们运用核质分离技术纯化了细胞核组分,运用蔗糖密度梯度超速离心技术富集了线粒体组分,并结合三重双甲基化标记和质谱分析技术,发现在全细胞组分、细胞核组分和线粒体组分中发生明显改变的信号通路和蛋白家族均不相同。我们在线粒体组分中发现了19个过氧化物酶体蛋白发生了明显的变化,这暗示了Huh7.37细胞中线粒体和过氧化物酶体之间的联系变得更加紧密。在亚细胞结构蛋白质组与全蛋白质组的比较过程当中,我们发现约有9.6%的核胞质共存蛋白在病毒复制过程中可能进入细胞核,而29.8%的线粒体胞质共存蛋白在这个过程中可能进入线粒体,这表明HBV的复制可能改变了这些蛋白在细胞中的定位。STRING分析显示,有30个蛋白在细胞核中的表达量明显下调,而它们在全细胞和线粒体中的变化不明显,甚至反而有所上调,因此我们推测这些蛋白可能在亚细胞结构间发生了穿梭。此外,我们初步探究了20个宿主蛋白对于HBV复制的影响,发现其中有10个蛋白能影响HBeAg的表达,但是仅有DDX1能同时影响HBsAg的表达。