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为改进黑曲霉对外源蛋白的分泌表达，分别构建了编码甘露糖基转移酶的mnn9基因和编码蛋白酶的pepAa,pepAb,pepAd基因的缺失株，并重点分析了这些基因缺失对黑曲霉外源蛋白漆酶（laccase）分泌表达的影响；为在黑曲霉中探索建立一种高通量的筛选基因定点缺失（或阻断）突变株方法，本研究采用同源重组方法构建了可能参与NHEJ（non-homologous end joining）的mrell基因缺失株，进而检测了mrell缺失对基因mnn9同源缺失频率的影响。以上研究取得的结果如下：
1．黑曲霉mnn9基因缺失株的构建及功能分析：以Aspergillus niger GICC2773基因组DNA为模板，用PCR方法分别扩增mnn9基因的上游约1.82kb和下游约1.23kb两段DNA序列，将此两段序列按同一方向分别插入质粒pMWl中潮霉素抗性基因（hph）表达单元的5’端上游和3’端下游，构建成缺失质粒pMW1-△mnn9。用HpaI/NruI酶切pMWl-△mnn9得到的线性片段转化A.nigerGICC2773菌株，通过潮霉素选择平板得到74个Hgy抗性转化子。对其中的24个转化子做了PCR检测，发现只有一个转化子（＃23）为mnn9基因缺失株。功能分析显示该mnn9缺失株使外源蛋白漆酶分泌显著提高。
2．黑曲霉pepAa,pepAb,pepAd缺失株的构建及功能分析：以Aspergillus niger GICC2773基因组DNA为模板，用PCR方法分别扩增pepAa,pepAb和pepAd基因。将扩增片段克隆到pBS-T载体上，然后分别在pepAa,pepAb,pepAd基因的AsuⅡ,Aor51HⅠ,AauⅠ酶切位点插入hph表达单元（潮霉素抗性基因），构建成阻断质粒pAaS-T，pAbS-T和pAdS-T。分别将HpaI酶切pAaS-T，pAbS-T和pAdS-T得到的线性片段转化A.niger GICC2773菌株，通过潮霉素抗性平板选择Hgy抗性转化子。然后采用PCR检测，从抗性转化子中筛选到各个基因的由于同源重组产生的阻断株。功能分析显示pepAa,pepAb,pepAd阻断可使黑曲霉菌株外源蛋白漆酶的分泌产量有不同程度的提高。
3．黑曲霉mrell基因缺失株的构建及功能分析：以Aspergillus niger GICC2773基因组DNA为模板，用PCR方法扩增mrell基因。将扩增片段克隆到pGM-T Easy载体上，通过在rarell基因BamH Ⅰ位点插入A.nidulans的amdS表达单元构建阻断质粒pMRM-T。将AsuⅡ／KpnI酶切pMRM-T得到的线性片段转化A.niger GAP3菌株，通过AMDS选择平板得到107个amds<+>转化子。PCR检测了其中的36个转化子，发现转化子＃31为mrell基因阻断株。出乎意料的是转化实验初步结果显示mrell基因阻断反而使mnn9的同源整合频率下降了200％。