科学技术是第一生产力,在我国的科技体系中,高校作为国家科学研究的主力军,承担着大量国家重大科研任务。近年来国家对高校科研经费投入不断加大,高校科研经费使用效益低、管理不到位等问题日益突出。为保证国家科研经费投入能够真实有效地用于科学研究,也为了提高科研经费的使用效益,如何评价高校科研经费管理成为了高校管理工作中亟待解决的问题之一。本文回顾了国内外学者对于科研经费管理的研究,阐述了科研经费管理相关概念和理论基础,结合高校科研经费管理的实际,分析了科研经费管理中存在的问题及成因,构建了高校科研经费管理绩效评价指标体系。通过问卷调查法和层次分析法赋予了各指标相应的权重,完成高校科研经费管理绩效评价模型的构建,运用模糊综合评价法对科研经费管理进行评价分析。最后对S大学进行案例分析,在对S大学进行科研经费管理评价的基础上,找出其中存在的问题,并提出相应的建议。高校科研经费管理绩效评价指标体系的构建能够促进高校科研经费管理体制的改革,为高校科研工作者创造良好的科研工作环境,为科研经费管理绩效评价工作提供积极帮助和参考借鉴,在一定程度上丰富我国在科研经费管理这方面的研究。