现代产业体系的构建是当下各个省域经济体发展经济的重要推手，构建符合区域特色的现代产业体系是各级地方政府的首要任务。产业体系的构建离不开经济第一推动力金融的支持，金融具有的特有功能将推动现代产业体系结构的合理化和高级化，最终实现金融发展和产业升级之间的良性互动局面。文章在阐述、解释、界定现代产业体系、金融功能观及其发挥金融功能效能的一般理论基础上，详细的分析新疆现代产业体系构建中面临的难题和困境及新疆金融发展的现状。通过相关的统计描述找出了产业体系和金融发展之间的内在关联，在前人研究的基础之上构建了由企业家微观经济主体在利用金融发展促进产业高级化和合理化的一般理论模型。在理论模型的基础上应用新疆1994年—2010年数据进行实证检验，在控制了市场化等变量后，计量结果表明金融发展在促进新疆现代产业体系的构建中具有明显的正向促进作用。文章以我国政府主导下的现代产业体系构建中金融支持这一模式进行了深度的剖析，以鄂尔多斯的房地产业为例得出政府主导下的产业体系构建中存在着金融风险和市场过度竞争的双重风险。最后在实证研究的基础上得出在构建现代产业体系金融支持政策建议，建议新疆各级地方政府在主导产业体系构建的过程中把握好政府介入和市场推动的边界，在市场机制成熟的情况下主动退出政府主导产业体系构建的模式，而让位与市场来进行有效率和持续性的产业选择。