【摘 要】
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通过抑制消减杂交、cDNA芯片技术和DNA测序,从木质素降解模式真菌黄孢原毛平革菌(Phanerochaete chrysosporium)中克隆到一批与次生代谢相关的EST,本论文工作将部分序列经BLASTX分析,发现一类重要的ABC转运蛋白(ATP Binding Cassette transporter)同源序列,经过毗连群分析将这些cDNA装配得到一条长1023 bp的ctg16序列,进一
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通过抑制消减杂交、cDNA芯片技术和DNA测序,从木质素降解模式真菌黄孢原毛平革菌(Phanerochaete chrysosporium)中克隆到一批与次生代谢相关的EST,本论文工作将部分序列经BLASTX分析,发现一类重要的ABC转运蛋白(ATP Binding Cassette transporter)同源序列,经过毗连群分析将这些cDNA装配得到一条长1023 bp的ctg16序列,进一步的BLASTX发现ctg16与ABC转运蛋白的核酸结合结构域(NBD)高度同源。 对该序列在黄孢原毛平革菌基因组中同源序列上下游7250bp的区域进行基因预测,得到一个长6083bp的基因及编码1306aa的3921bp开放阅读框(ORF)。将预测所得编码序列与ctg16及相应的基因组序列比对发现,在与ctg16相应的区域预测所得的基因内含子结构与ctg16完全一致。将该编码序列分别进行BLASTX和保守结构域搜索,发现除ctg16外,该序列还含有另一个核酸结合结构域,此外通过疏水分析预测所得氨基酸序列的跨膜区,发现其拓扑结构符合ABC转运蛋白的特征,推测其具备ABC转运蛋白经典的二聚体蛋白基因结构。 将推测的ctg16翻译产物Ctg16pr提交至SWISS-MODEL,发现了3条在相同区域同源性超过30%的蛋白质序列,由此构建了Ctg16pr的三维模型,模型分辨率为3.1,与模板的均方根值(rms)为0.75。通过Procheck的检查发现该模型95%以上的残基位于拉氏构像图许可区内,综合评估认为该模型可用于初步结构和功能分析。对模型结合ATP分子的分析发现其ABC转运蛋白共同的保守结构域均位于正确的位置,其中参与催化区与信号区交流的Pro-loop上的保守脯氨酸突变为丝氨酸,但并未影响整体结构。其二聚体模型分析表明ctg16蛋白二聚体共同参与了ATP的水解,二聚体中另一个分子NBD区域的Gln68可能参与这一水解过程。
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