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目的：调查我市某二级医院应用天然抗凝溶栓剂——蕲蛇酶和疏血通治疗缺血性脑血管疾病的基本情况；从寻找蕲蛇酶最佳适应证，分析疏血通在改善患者血液流变学指标上的优势以及评价两者的成本与效果等几项临床研究的结果来对该基层医院相关药物的临床应用的合理性作一科学总结。方法：普查2010年在该院神经内科住院的全部缺血性脑血管疾病患者病历，统计蕲蛇酶和疏血通的使用情况；按既定标准从3003病例中筛选出200例使用蕲蛇酶治疗的缺血性脑血管疾病患者，采用logistic回归分析影响其疗效和预后的因素，找其最佳适应证；通过检索最新文献，筛选出有关疏血通与丹参对脑梗死患者及其高危人群血液流变学影响的文献，采用Meta分析得到疏血通在改善患者血液流变学参数的优势；选取使用蕲蛇酶和疏血通的患者各40例，比较两者的成本效果。结果：该院神经内科分别有66.2%和28.6%的患者使用过蕲蛇酶和疏血通。影响蕲蛇酶疗效和预后的正性因素为用药疗程（P=0.000），负性因素为病情严重程度和并发代谢性疾病（P=0.000），混杂因素则为年龄、性别以及联合地塞米松（P>0.10）。疏血通与丹参对脑梗死患者及其高危人群血液流变学影响比较：全血高切黏度（mPa·s）WMD=-0.53，P<0.05；全血低切黏度（mPa·s）WMD=-1.40，P<0.05；血浆黏度（mPa·s）WMD=-0.27，P<0.05；纤维蛋白原(g·L-1)WMD=-0.75，P<0.05；红细胞压积WMD=-0.05，P<0.05。蕲蛇酶组平均成本为890.90元，有效率70%；疏血通组平均成本为1235.66元，有效率75%；两组有效率无明显差异，P>0.05；报销后蕲蛇酶组自付费用不变，疏血通组自付成本为820.08元。结论：该院神经内科在住院病人中广泛使用蕲蛇酶和疏血通的做法值得商榷。蕲蛇酶仅适合于非重症患者，需用足疗程，但不能延长，无需联用地塞米松；疏血通对血液流变学各项指标的影响均优于丹参，可考虑选用；在疗效无明显差异的情况下，蕲蛇酶治疗成本较疏血通低，但实际自付成本与国家医保政策有关。