本研究主要是对陆地棉种内图谱的丰富,利用分子标记构建高密度分子遗传连锁图谱,有助于探讨分子标记连锁群与染色体的对应关系,对棉花重要的质量性状和数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)进行定位,以及进行棉花分子标记辅助选择育种和图位克隆等等。
　　目前,棉花种间分子遗传图谱的研究报道相对较多,种内图谱的研究相对滞后。棉花种间遗传图谱虽然有较高的多态性,但同时存在较高的偏分离,偏分离会影响标记间真实的重组距离,因而有针对性的对某些目标性状进行陆地棉种内分子遗传图谱的构建及分析研究,更接近于实际育种的需要。
　　目前陆地棉种内分子遗传图谱的大概状况是:标记数较少、覆盖率普遍偏低,还远达不到分子标记辅助育种(Molecular marker assisted selection,MAS)等一些研究的需要。因此,构建高密度的陆地棉种内分子遗传图谱具有重要意义。
　　本研究选取本实验室以往研究的陆地棉种内杂交群体DH962×冀棉5号F2代的137个单株,应用新开发的SSR标记,对该图谱进一步加密来构建陆地棉种内分子遗传图谱,并将其与海陆种间图谱进行比较。利用SSR标记(4878对)对DH962和冀棉5号进行多态性分析。SSR引物包括三个系列:3479对HAU系列引物,699对NAU系列引物,700对Gh系列引物。共筛选出多态性引物176对(占3.61％),用F2群体进行扩增,得到183个多态性位点。用Joinmap3.0软件,以LOD值≥4.0,标记间最大距离≤40.0 cM,对183个位点和Lin等(2009)所筛选出的多态性标记共同构建分子遗传图谱,得出以下结论:本实验中有158个标记分布在42个连锁群上,定位在23条染色体上,每个连锁群包含1~15个新的标记位点。
　　通过整体作图,定位638个多态性标记,得到连锁群47个,35个连锁群分配到相应的23个染色体上,所得遗传图谱总长为2331.6 cM,覆盖棉花基因组的50.03％％,标记间的平均距离为3.80 cM。本实验有34个偏分离标记(18.58％),其中8个显性标记,26个共显性标记;11个标记偏向杂合子,11个标记偏向DH962,12个标记偏向冀棉5号,染色体C23(“Chromosome”简写为“C”,后同)上分布的偏分离标记数量较多,为7个。对不同的作图群体——陆地棉种内群体和海陆种间群体进行比较作图,种内群体有17个连锁群(36.2％)、种间群体有18个连锁群(40.9％)参与到比较作图中,涉及15条染色体。
　　两个图谱中共有33个相同的标记,每个染色体分布1~3个相同的标记位点;其中标记cir043的位点和定位于同一染色体(C20)上的另外两个标记(bnl946、bnl3948)在种间图谱和种内图谱的定位顺序不一致,其他标记位点在两类图谱上的顺序均一致。