本研究选择毒力强而没有交叉免疫保护的APP血清1型和5型菌株为对象,采用改良的代表性差异分析法(RDA),分别构建了cDNA差异表达基因文库和基因组DNA差减基因文库,经southern blot验证和部分测序,系统分析1型和5型差异表达基因及基因组差异基因。并采用核糖体展示技术、免疫筛选技术及RT-PCR技术进行免疫应答相关基因筛选。结果表明,获得APP 1型17条上调表达基因,其中8条基因与痤疮丙酸杆菌功能基因同源性最高,基因序列同源率达到93-100%,1条为未知序列;6条为免疫应答相关基因。APP 5型31条基因上调表达,其中10条基因与痤疮丙酸杆菌功能基因的同源性达到98%,14条基因未发现已知的同源序列;14条为免疫应答相关基因。基因组差减文库中筛选到APP 1型8条主要差异基因,1条基因为未知序列;5型分离到10条主要差异基因,其中8条与APP L20血清型5b同源比例在93-100%,2条为未知序列。这些基因全部为免疫应答相关基因。痤疮丙酸杆菌(PA)曾是短小棒状杆菌(CP)的别名,本研究检测发现PA与APP抗血清存在很强的交叉免疫反应,PA活菌免疫小鼠,分别用APP 1型和5型10倍LD50攻毒,对APP 1型攻毒小鼠的保护率为95%,对APP 5型攻毒小鼠的保护率为90%。并且在攻毒后第15天小鼠体内APP菌全部被清除。本研究为建立APP特异的免疫诊断方法、新型多价基因工程疫苗及CP异源活疫苗的研究奠定了基础。