随着科学技术不断发展,以研究型大学为核心的高等教育系统日益成为社会发展和科技进步的动力源泉。我国对高校的科研事业也越来越重视,并投入了大量的科研经费。随着经费的增加,关于科研经费的问题也越来越得到社会的关注。研究如何公平、公正的分配科研经费、怎样才能合理有效的利用科研经费,以及如何评价其使用效益具有一定的现实意义和研究价值。本文研究的主要目的是通过探讨科研经费的分配体制,揭示高校科研经费使用过程中存在的问题,评估高校科研经费的使用效益,并分析高校科研经费对高校校办企业发展的影响,为完善我国政府对大学科研活动的资助体系,确保大学创新子系统的健康、可持续发展提供意见和建议。通过研究,本文指出我国应加大对基础研究的科技投入,同时也应加大作为基础研究的重要执行主体高等学校的科技投入。从高校科研经费使用效益的实证分析得出,目前我国高校科研经费的使用效率不高,短期内要提高科研效率,需要投入大量高水平的科研人员,长期则要注重科研人员的培养和该地区的经济建设。另外通过分析高校科研经费与校办企业销售收入的关系,认为校办企业应对高校增加科研投入,从而增加科研成果在校办企业的转化。