铁路“十一五”发展规划明确规定,全国将建立集装箱三级站点的运输网络系统,具体包括18个集装箱中心站,33个二级专办点和100个左右三级办理点。集装箱三级站点的运输网络系统建立大致分为两个阶段,第一阶段为各级站点的建设,第二阶段是站点间的运输组织。第一阶段的工作已经全面展开。在2005年就开始了18个中心站的建设,现在33个专办站的设立城市也已基本确定。这几年已有许多文献对中心站的站址选择问题有过研究,部分文献针对18个中心站间班列开行方案进行了讨论,但是未有文献研究三级站点间列车的开行问题,因此本文重点讨论基于三级站点的集装箱列车开行方案问题。本文以车流组织的理论为基础,以车流组织与箱流组织的异同为前提进行研究。考虑到中心站、专办站和办理点作业方式的不同,三级站点集装箱运输组织分两部分研究：第一部分主要研究中心站和专办站间的班列开行方案,根据中心站和专办站的站点布局和功能定位,中心站和专办站间以开行集装箱班列为主；第二部分讨论办理点与邻近中心站或专办站的运输组织。为了合理的组织班列的开行,需要从空间和时间上讨论班列的开行方案,本文具体分析了开行方案的影响因素、班列的组织形式以及班列的开行条件。在遵循“按流开车”的原则下,以一条直线上集装箱中心站和专办站的运输组织为例,按照分层分析的方法进行分析,得出集装箱中心站和专办站班列的开行方案。最后本文针对办理点与中心站或专办站间开行集装箱小运转列车的运输组织问题进行分析,提出了开行原则和编组办法,并探讨了集装箱小运转列车合理编成辆数及开行数量问题,以期在满足开行要求的条件下获取较大的经济效益。