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目的:探讨人胰岛素样生长因子-1受体(IGF-1R)基因单核苷酸多态性(SNP)位点与特发性矮小(ISS)遗传易感性的关系。方法:采用“病例-对照研究”,应用SNaPshot技术平台检测2008年至2011年在江西省儿童医院、上海瑞金医院、郑州市儿童医院确诊的715例ISS患儿(ISS组),575名身高正常人(对照组)共1290个样本的IGF-1R基因SNP位点;采用χ2检验或Armitage趋势检验分析病例组和正常对照组IGF-1R基因SNP基因型、等位基因、显隐性模式,采用t检验或秩和检验分析基因型与临床参数的关系,P<0.05为结果有统计学差异;统计均在SPSS19.0软件完成。结果:○1初筛阶段,通过对275例ISS组和379例对照组的IGF-1R基因46个标签SNP位点进行统计学分析发现,2个阳性SNP位点rs1976667(P=0.03636)及rs2684788(P=0.01352)与ISS有关。○2验证阶段,两个SNP等位基因分布频率、基因型分布频率、显隐性模型中基因型的“病例-对照”关联分析结果无统计学意义。③性别分层后,男性rs1976667位点不同基因型与ISS遗传易感性有关(P=0.047),携带(GG+GA)基因型(P=0.018)与ISS遗传易感性有关,可能是ISS的保护性因素(0<OR<1);男性rs2684788位点G等位基因与ISS遗传易感性有关(P=0.016),携带(GG+GA)基因型(P=0.016)与ISS遗传易感性有关,为ISS的保护性因素(0<OR<1);女性rs1976667位点不同基因型与ISS的遗传易感性有关(P=0.011),(GG+GA)基因型与ISS遗传易感性有关(P=0.005),是ISS的中度危险因素(1<OR<2)。女性rs2684788位点不同基因型(P=0.005)与ISS的遗传易感性有关,G等位基因(P=0.005)与ISS的遗传易感性有关,是ISS的中度危险因素,风险为A等位基因的1.698倍,(GA+AA)基因型(P=0.005)与ISS遗传易感性有关,可能是ISS的中度危险因素(1<OR<2)。○4女性ISS组rs1976667位点(GG+GA)基因型(P=0.006)的IGF-1SDS比较有统计学差异(P<0.05),提示(GG+GA)基因型与IGF-1SDS值有关。结论:人IGF1R基因的rs1976667,rs2684788位点可能与不同性别ISS的遗传易感性有关;ISS不同的临床表型可能和SNP位点多态性有关。